连云港三甲医院有连云港市第一人民医院、连云港市妇幼保健院、连云港中医院等多家。连云港市第一人民医院是徐淮东部地区规模最大的三级甲等综合医院，拥有省级临床重点专科15个；连云港市妇幼保健院连续多年荣获全市卫生计生事业综合考评优秀奖；连云港中医院拥有全省中医系统一流的中医康复中心，搭建了市内规模最大、中医氛围浓厚的治未病中心。
第一名：连云港市第一人民医院
连云港市第一人民医院集医疗、教学、科研、预防、保健、康复、急救等于一体，现已发展成为徐淮东部地区规模最大的三级甲等综合医院，拥有省级临床重点专科15个、市级医学重点学科8科、市级临床重点专科50个。先后被评为省市文明单位、省十佳医院、省卫生系统先进集体等。
第二名：连云港市妇幼保健院
连云港市妇幼保健院是一所集医疗、保健、预防、教学、科研为一体的国家三级甲等妇幼保健院，是南京市儿童医院医联体成员单位，连云港市妇幼保健集团牵头单位，有省市级临床重点专科10个、重点学科（含建设单位）18个，先后荣获全国改善医疗服务示范医院、国家级敬老文明号、全国巾帼文明示范等荣誉称号，连续多年荣获全市卫生计生事业综合考评优秀奖。
第三名：连云港市中医院
连云港中医院现为一所集医疗、教学、科研、康复、养生于一体的三级甲等中医医院，获批为国家级药物临床试验机构，现有国家临床（中医专业）重点专科1个，国家中医临床重点专科2个，江苏省中医药重点学科1个，江苏省中医临床重点专科5个，连云港市中医临床重点专科19个，建成连云港市市级胸痛中心、卒中中心、创伤中心和中毒中心。医院拥有全省中医系统一流的中医康复中心，搭建了市内规模最大、中医氛围浓厚的治未病中心。
第四名：连云港市第二人民医院
连云港市第二人民医院，担负着医疗、教学、科研、预防、保健、康复、公益等7项中心任务以及政府指令性任务和突发公共卫生事件应急救治任务。同时承担着连云港市肿瘤医院、连云港市临床肿瘤研究所和连云港市慈善医院职能。依托医院工作，建立了连云港市互联网医院、连云港市安宁疗护中心、连云港市老年医学中心及连云港市医养结合培训基地、连云港市癌症中心。
第五名：连云港市第四人民医院
连云港市第四人民医院是集医疗、教学和科研于一体的国家三级专科医院，设有肝病科、结核科、临床心理科、肾内科等19个临床科室，检验科、放射科等5个医技科室以及19个职能部门，其中传染科为市级重点学科，肝炎科、结核科、精神科为市级临床重点专科。
第六名：灌云县人民医院
灌云县人民医院为一所集医教研于一体的国家三级综合性医院，拥有市级临床重点专科8个，重点专科建设单位2个，设立胸痛中心、卒中中心、创伤中心、危重孕产妇救治中心、危重儿童和新生儿救治中心。先后荣获省级文明单位、省卫生行风先进单位、市先进基层党组织等称号。
第七名：赣榆区人民医院
赣榆区人民医院现为国家三级综合医院、国家爱婴医院，医院先后被评为国家 “改善服务创新医院”、省级“患者安全目标管理合格医院”。神经内科、脑外科、普外科、消化内科为连云港市重点专科，获专利发明7项，市新技术引进三等奖2项，市科技进步三等奖2项。
第八名：连云港市东方医院
连云港市东方医院为集医疗、科研、教学、预防、康复、养老等于一体的连云港市市属公立医院、东部城区唯一的国家三级综合医院。医院拥有享受政府特殊津贴专家1人，省名中医1人，省“333工程”培养对象5人，省“六个一”工程拔尖人才1人，市“521人才工程”培养对象19人，市“科教强卫”工程领军人才2名、重点人才4名。拥有市级临床重点专科20个，市级护理重点专科1个。
第九名：中国人民解放军第一四九医院
中国人民解放军第一四九医院是一所三级综合性医院，共设8个科室，按照三级医院标准进行人员、病房、设备等配置，拥有核磁共振、数字胃肠机、多层螺旋CT 、CR 、DR、C臂X光机等大型设备，可为广大人民群众提供更好的服务 。
第十名：东海县人民医院
东海县人民医院是一所集医疗、急救、科研、教学和社会化服务为一体的国家三级综合医院，先后荣获江苏省文明单位、爱婴医院、平安医院等荣誉称号。共设31个临床科室、10个医技科室和19个职能科室。检验科、心内科、眼科、神经外科、普外科、妇产科、骨科和儿科为市级临床重点专科。医院获省级新技术引进二等奖1项、三等奖5项，市级新技术引进二等奖4项、科技进步奖10项。