阜阳医院排行榜前十的医院有阜阳市人民医院、太和县人民医院、阜阳市第二人民医院等。阜阳市人民医院拥有国家级住培基地18个，安徽省博士后科研工作站1个，安徽省医疗卫生临床重点专科7个等。太和县人民医院连续多年荣登“中国县级医院百强榜”，拥有3个省级学科，10个市级学科。阜阳市第二人民医院全院共开展新项目、新技术200余项，一些诊疗技术目前是省内先进、市内领先的诊疗技术。
第一名：阜阳市人民医院
阜阳市人民医院，是安徽省区域医疗中心，是阜阳市最大的三级甲等综合性医院，同时也是阜阳市医疗、教学、科研、急救、预防、保健和康复的中心。医院学科门类齐全，拥有国家级住培基地18个，安徽省博士后科研工作站1个，安徽省医疗卫生临床重点专科7个（骨科、妇产科、心内科、呼吸科、肾内科、急诊科、普外科 ），安徽省重点特色专科2个（耳鼻咽喉-头颈外科、康复医科），市级重点学科28个，市级质控中心40个。
第二名：太和县人民医院
太和县人民医院是一所集医疗、急救、康复、保健、科研与教学于一体的三级甲等综合医院，连续多年荣登“中国县级医院百强榜”。拥有3个省级学科（普外科、神经外科、急诊医学科），10个市级学科（神经内科、心血管内科、麻醉科、肝胆外科、妇产科、血管外科、重症医学科、耳鼻喉科、神经外科、急诊医学科）。
第三名：阜阳市第二人民医院
阜阳市第二人民医院呼吸与危重症医学科、肝病科为安徽省“十二五”临床医学重点培育专科，肾脏病科、胸心外科分别为安徽省“十三五”医疗卫生重点培育专科和重点特色专科。全院共开展新项目、新技术200余项，其中肝纤维化无创检测、肝癌微创治疗、ERCP、TIPS、人工肝治疗技术等，目前是省内先进、市内领先的诊疗技术。
第四名：太和县中医院
太和县中医院为一所集医疗、急救、科研、教学、预防、康复为一体的国家三级甲等中医院，设有骨伤、内、外、妇、儿、肝病、肿瘤、五官、推拿、针灸等14个病区、18个临床科室、30多个专科门诊。重点专科有中医骨伤科、肿瘤科、心脑内科、针灸科、推拿科等，重点专病有哮喘病、头痛症、糖尿病、肝病、肾病等。其中骨伤科是医院的龙头科室，设五个病区，分为四肢、脊柱、骨病关节、手足显微骨外科、中医推拿科。
第五名：安徽医科大学附属阜阳医院
安徽医科大学附属阜阳医院是一所集医疗、教学、科研、康复、保健、预防为一体的省级公立三级甲等综合医院，属安徽医科大学直属附属医院，普外科和泌尿外科获批省级临床重点专科建设项目。2019年遴选普外科（联合病理科）、妇产科（联合肿瘤科）、耳鼻喉头颈外科（联合口腔科）为医院首批院内重点专科建设项目。
第六名：阜阳市第五人民医院
阜阳市第五人民医院是一所集医疗、教学、科研、预防保健为一体的国家三级综合性医院。医院共设46个临床医技科室，其中泌尿外科为市级第五周期临床重点培育专科，心血管内科为市级第五周期临床重点特色专科，已形成以介入治疗和微创治疗为主的特色医疗。
第七名：阜阳市肿瘤医院
阜阳市肿瘤医院是以肿瘤防治为特色，集医疗、教育、科研、康复、保健、预防为一体的综合性医院，全院共设置60余个临床、医技、职能科室。其中肿瘤内科是阜阳市的市级临床重点学科；肿瘤放射治疗科、耳鼻咽喉头颈外科是阜阳市的市级特色学科；超声介入阜阳市内领先；病理科为阜阳市年检肿瘤病理标本最多的学科。
第八名：阜南县人民医院
阜南县人民医院目前已发展为集医疗、预防、科研、教学为一体的三级综合医院。医院设有普内科、神经内科、心内科、消化内科、耳鼻喉科、眼科、呼吸及危重医学科、重症医学科（ICU）、肾内科、血液内科、内分泌科、儿科、新生儿科、普外科、口腔颌面外科、肝胆外科、神经外科等36个临床科室，其中肝胆外科、神经内科为阜阳市特色重点专业科室。
第九名：阜阳市中医医院
阜阳市中医医院已经发展成国家三级综合中医医疗机构，医院科室设置齐全，其中市级以上重点专科专病12个。康复科为安徽省级中医特色专科、阜阳市优先建设临床重点专科；针灸推拿科、心内科是省级中医重点专科；肝病、哮喘病是省级重点专病；针推科为市级中医名科，中医骨伤科为市级中医重点专科；脑病科、内分泌科、中医妇科、推拿科为市级中医培育专科；头痛病专科是市级重点学科。
第十名：界首市人民医院
界首市人民医院是一所国家综合性三级综合医院，医院的感染病科为安徽省“十二五”重点特色专科；心血管内科、儿科系阜阳市第五周期重点培育专科及重点特色专科。荣获“中国医联体探路先锋”、“全国肝胆病防治技术示范基地”、“全国综合医院中医药示范单位”。