全国儿童心脏手术比较好的医院是复旦大学附属儿科医院、首都医科大学附属北京儿童医院、首都医科大学附属北京安贞医院，复旦大学附属儿科医院心内科是国内较早的儿科三级学科之一，是集医、教、研一体的国内驰名的小儿心脏内科诊治中心。首都医科大学附属北京儿童医院心内科收治专业病人数居全国首位，首都医科大学附属北京安贞医院小儿心脏中心内科是国内一流、有国际影响力的儿童心血管病诊疗中心。
第一名：复旦大学附属儿科医院-心内科
复旦大学附属儿科医院心内科，是国内较早的儿科三级学科之一，是集医、教、研一体的国内驰名的小儿心脏内科诊治中心。科室牵头制定了我国第一个“川崎病冠状动脉病变临床处理建议”；牵头上海市多家儿童医院进行的课题《川崎病冠状动脉病变的流行病学、临床处理及预测指标研究》获中华医学科技奖二等奖、上海医学科技奖一等奖以及上海科技进步奖二等奖。
第二名：首都医科大学附属北京儿童医院-心内科
首都医科大学附属北京儿童医院心内科，可收治来自全国各地的各类严重心律失常、暴发性心肌炎、感染性心肌炎等心脏内科系统疾病，收治专业病人数居全国首位。科室目前每年在Ensite系统三维标测引导下完成小儿心律失常射频消融治疗等百余例，处于国内外儿科领先水平。
第三名：首都医科大学附属北京安贞医院-小儿心脏中心内科
首都医科大学附属北京安贞医院小儿心脏中心内科，医疗设施先进，专业建设完善，属于国内一流、有国际影响力的儿童心血管病诊疗中心。全科拥有多名全国知名专家、教授及研究生导师，是首都医科大学的硕士和博士研究生培养基地，同时是卫生部指定的首批先心病介入治疗培训基地，亦是北京地区唯一的儿童先心病介入治疗培训基地，对于先心病的介入治疗，产前心血管畸形诊断及心肌病诊疗水平在全国名列前茅。
第四名：重庆医科大学附属儿童医院-心血管内科
重庆医科大学附属儿童医院心血管内科，主要从事小儿先天性和后天性心脏病的临床及基础研究，为中华医学会小儿心血管学组副组长单位，是西部地区小儿心血管疾病诊治中心，2014年成为国家卫生部小儿先心病介入诊疗技术培训基地和重庆市先心病介入质控中心。
第五名：浙江大学医学院附属儿童医院-心血管内科
浙江大学医学院附属儿童医院心血管内科，在心血管系统疾病尤其是川崎病和先天性心脏病临床研究及诊治方面卓有成效，是浙江省儿童心血管疾病诊治实力最雄厚的医疗机构，同时还担任全省小儿心血管疑难杂症的会诊任务。科室是浙江省小儿心血管疾病防治中心，中华医学会儿科分会委员，中国医师协会儿科医师分会心血管专业委员会副主任委员，中国医师协会心血管内科医师分会儿童心血管专业委员会副主任委员。
第六名：北京大学第一医院-小儿心内科
北京大学第一医院小儿心内科，创建了国内首家儿童晕厥专科门诊，显著提高了我国儿童晕厥的诊治水平。科室在小儿心血管系统疾病研究方面率先发现硫化氢为心血管功能调节的新型气体信号分子，揭示其在诸多心血管疾病发病中具有重要的病理生理学意义，研究成果推广范围覆盖我国29个省、市、自治区以及港澳特别行政区的临床医师，获得2007年教育部科技进步一等奖以及宋庆龄儿科医学奖。
第七名：上海交通大学医学院附属新华医院-小儿心脏中心
上海交通大学医学院附属新华医院小儿心脏中心，是国内最早开展小儿先天性心脏病诊治工作的临床专科，为集医、教、研一体的国内一流的小儿心脏病诊疗中心，在国内外儿科学界享有良好声誉。该中心在小儿心血管疾病的诊疗，尤其是复杂性先心病的手术和介入治疗方面处于国内领先水平，是上海市高教局重点学科、上海市医学领先学科、上海市首批小儿心血管临床医学中心。
第八名：广州市妇女儿童医疗中心-心内科
广州市妇女儿童医疗中心心内科，擅长于各种小儿心血管疾病的诊断及治疗，特别擅长心导管介入治疗小儿先天性心脏病。科室多年来在小儿心衰、心肌炎、心肌病、心律失常的诊断治疗等方面有丰富经验，已形成川崎病特色专科，建立了完整的川崎病诊断、常规治疗及远期随访体系，建立了成熟的川崎病冠状动脉损害的超声心动图检测方法，采用负荷超声心动图和冠状动脉造影技术进行川崎病心血管损害的追踪随访，处于国内领先水平。
第九名：四川大学华西第二医院-儿童心血管科
四川大学华西第二医院儿童心血管科，是国内最早成立的儿科心血管亚专业之一，也是国内最早开展儿童先心病介入诊断和治疗的儿童心血管专科，现已成为国内领先、西部最强的知名儿科学三级学科，胎儿期心血管疾病诊断、宫内治疗水平处于国际先进及国内领导地位，儿童先心病介入治疗总体水平位列全国儿科领域前三甲。
第十名：中国医科大学附属盛京医院-小儿心脏病科
中国医科大学附属盛京医院小儿心脏病科，主治小儿心肌炎、心律失常、川崎病、高血压、先天性心脏病等心血管疾病。小儿心脏病科在国内儿科较早开展了螺旋CT冠状动脉三维重建技术，为川崎病引起的冠状动脉损伤诊断开辟了新的无创性检查途径。近年来，小儿心脏病科开展了直立倾斜试验诊断儿童晕厥的新项目，为儿童血管性晕厥的诊断提供了金标准。