重庆耳鼻喉科医院排名第一的医院是陆军军医大学第一附属医院，该医院耳鼻喉科全面开展了耳鼻咽喉-头颈外科疾病的诊断和治疗工作，其中多项医疗技术在国内、军内、地区具有领先水平。另外，重庆耳鼻喉科医院排名靠前的还有重庆医科大学附属第一医院、陆军军医大学新桥医院，其中重庆医科大学附属第一医院耳鼻咽喉科是西南地区最早成立的诊治耳鼻咽喉科疾病的特色专科之一；陆军军医大学新桥医院耳鼻咽喉―头颈外科可以诊治耳鼻咽喉科常见病及各类疑难杂症。
第一名：陆军军医大学第一附属医院-耳鼻喉科
陆军军医大学第一附属医院耳鼻喉科全面开展了耳鼻咽喉-头颈外科疾病的诊断和治疗工作，其中多项医疗技术在国内、军内、地区具有领先水平。在重庆地区最先、最多地开展了人工电子耳蜗植入术；尤其在慢性中耳炎的手术治疗、听力损失重建、耳硬化症、先天性小耳畸形手术方面具有较高水平；开展了以喉显微激光为特色的系列手术，尤其在咽喉良性增生性病变切除术、早期喉癌切除术、喉狭窄成形术上颇具优势，在咽喉癌外科治疗上具有较高水平。
第二名：重庆医科大学附属第一医院-耳鼻咽喉科
重庆医科大学附属第一医院耳鼻咽喉科是西南地区最早成立的诊治耳鼻咽喉科疾病的特色专科之一，目前已成为高端人才荟萃、技术实力雄厚、设备设施一流，集医疗、教学、科研为一体的综合性优势学科。该科现为博士和硕士学位授权点，是国家临床重点专科、重庆市耳鼻咽喉科临床质量控制中心、国家临床药理基地、国家助听器验配师培训机构、国家贫困聋儿人工耳蜗抢救性康复项目定点手术医院。
第三名：陆军军医大学新桥医院-耳鼻咽喉―头颈外科
陆军军医大学新桥医院耳鼻咽喉―头颈外科是集医疗、教学、科研、卫生一体的重点科室之一，科室拥有一系列的先进诊断、治疗仪器，可以诊治耳鼻咽喉科常见病及各类疑难杂症。开展鼻内镜手术、喉显微手术、鼾症手术、严重颈段气管狭窄一期切除整复术、保留喉功能的下咽癌切除+颈部皮瓣整复术、鼻内镜下鼻前颅底肿瘤切除术，以及乳突根治、鼓室成形、人工听骨植入、面神经减压等为代表的各类手术。
第四名：重庆大坪医院-耳鼻咽喉科
重庆大坪医院耳鼻咽喉科一直是重庆市和第三军医大学的优势学科之一。1993年3月在全国率先成立“耳鼻咽喉-头颈外科”；2001年经重庆市科委批准成“重庆市耳鼻咽喉-头颈外科研究所”；2001年被国家药监局批准为全国药品实验机构“耳鼻咽喉-头颈外科专科”，2002年被重庆市卫生局批准为“星级护理站”。5年内获省部级科技成果奖9项，获国家及省部级科研课题8项。开展新业务新技术10余项，填补了市内空白，达到全军及全国先进水平。
第五名：重庆医科大学附属第二医院-耳鼻喉科
重庆医科大学附属第二医院耳鼻咽喉科建于上世纪40年代初期，是集医疗、临床、教学和科研于一体的专业性极强的科室。技术力量雄厚，开展了大量新技术，主要是新的、高难度、复杂的大、中型手术。门诊开展听力学检查，验配助听器，电子鼻咽镜检查，电子喉镜检查，使用国际领先技术Alerchek进行吸入性过敏原筛查等。
第六名：重庆市人民医院-耳鼻咽喉头颈外科
重庆市人民医院耳鼻咽喉头颈外科是1929年建院初期的主要科室之一，是全市最早设立耳鼻咽喉科门诊单位。2003年由市卫生局批准成立重庆市眼耳鼻咽喉科医院，成为重庆市唯一一家三级甲等公立耳鼻喉专科医院，设置有耳、鼻、咽喉、头颈等各亚专科。2011年成为重庆市医学重点学科。2018年获批国家级鼻内镜培训中心和咽喉内镜培训中心。2019年获批国家耳鼻咽喉疾病临床医学研究中心核心合作单位。2020年获批重庆市耳鼻咽喉疾病临床医学研究中心。
第七名：重庆市公共卫生医疗救治中心-五官科
重庆市公共卫生医疗救治中心五官科是集眼耳鼻喉科于一身的门诊科室，该科成立于1995年，对于眼耳鼻喉科的常见病、多发病，尤其是在结核病、艾滋病眼底病变方面积累了丰富的临床经验。五官科还参与医院各临床科室会诊及疑难病例讨论工作，为临床科室提供循证医学依据。
第八名：中国人民解放军陆军第九五八医院-耳鼻喉科
中国人民解放军陆军第九五八医院耳鼻喉科具有45年的历史。科室获国家及省市级奖项目前承担包括两项国家科技支撑计划和国家自然基金在内的十余项科研课题主编或参编医学院校本科生和研究生教材。科室拥有先进的设备，技术力量雄厚。
第九名：重庆市第九人民医院-耳鼻咽喉科
重庆市第九人民医院耳鼻咽喉科，现已成为北部地区规模最大的集医疗、科研、教学为一体的耳鼻咽喉专科，科室设有耳科、鼻科和咽喉头颈三个专业组。科室拥有高精密的医疗设备，还拥有高质量的专科技术（核心技术），发展以耳鼻咽喉微创外科手术治疗为主的学科特色，包括等离子下咽喉部微创外科手术，咽喉肿瘤的显微外科手术切除、喉部分切除和发声功能重建术。
第十名：重庆市南川区人民医院-耳鼻咽喉科
重庆市南川区人民医院耳鼻咽喉科是南川区唯一集耳、鼻、咽、喉、头颈外科为一体的专业性科室。目前已成为技术实力雄厚、设备设施先进，集医疗、教学、科研为一体的学科。科室有进口和国产先进医疗设备，可完全满足专科各种检查与手术的需要。
