北京感染科比较好的医院是北京协和医院、中国人民解放军总医院、北京大学第一医院，北京协和医院感染内科是国家级传染病医疗诊治中心，是卫生部临床重点学科，在复旦版专科榜中名列第七。中国人民解放军总医院发热疾病科是国家感染性疾病临床医学研究中心，北京大学第一医院抗感染科为我国第一个临床药理研究所。
第一名：北京协和医院-感染内科
北京协和医院感染内科是北京协和医院最早成立的科室之一，现已成为国内一家集医疗、科研、预防和人才培养的国家级传染病的医疗诊治、医学教育和医学研究中心。北京协和医院感染内科是感染性疾病博士学位授予点、卫生部临床重点学科、国家级感染性疾病继续教育基地。在复旦大学医院管理研究所最佳专科声誉排行榜名列第七。北京协和医院为全国艾滋病诊疗的“领头羊”，利用综合医院的多学科优势，建立了具有特色的多学科合作的“协和综合模式”。
第二名：中国人民解放军总医院-发热疾病科
中国人民解放军总医院发热疾病科由中国科学院院士王福生主任领衔，在新突发传染病以及相关的危重疑难疾病的临床救治，特别是在细胞治疗领域处于国际前沿水平。是国家自然科学基金创新群体、国家感染性疾病临床医学研究中心，建有全军传染病研究所、全军艾滋病和肝病防治重点实验室、全军新突发传染病防治实验室，是全军“双重”建设单位。
第三名：北京大学第一医院-抗感染科
北京大学第一医院抗感染科由我国著名临床药理学家李家泰教授创建并任首任所长。为我国第一个临床药理研究所，是我国临床药理高级学术研究机构和抗生素研究中心之一，也是我国最早的卫生部药物临床研究基地。主要收治发热待查、呼吸道感染、尿路感染、皮肤软组织感染等患者。
第四名：首都医科大学附属北京地坛医院-感染性疾病诊疗中心
首都医科大学附属北京地坛医院感染性疾病诊疗中心在各种传染病的诊断鉴别诊断，尤其是发热待查、腹泻待查、皮疹待查、黄疸待查、肝功异常原因待查及中枢神经系统感染等方面积累了丰富的经验；在重症传染病，如暴发性流脑、乙脑、重症流行性出血热、SARS等传染病的抢救治疗方面有着较高的水平，在病毒性肝炎的抗病毒治疗、慢性肝病、肝硬化及其并发症的诊治方面亦有很深的造诣。
第五名：北京大学第三医院-感染疾病科
北京大学第三医院的感染疾病科是一个完整独立的临床科室，有良好的就医环境，该科室开展急性/慢性乙型肝炎、丙型肝炎的规范化抗病毒治疗。同时还承担各种肝炎、肝病相关知识的咨询，如肝病相关化验的解释、肝病患者生活饮食运动注意事项、乙肝携带者的管理、乙肝的预防及母婴阻断等。
第六名：北京大学人民医院-感染科
北京大学人民医院感染科是国家临床重点专科，以感染疑难重症病例的病原诊断、治疗和研究为特色，主要收治各种感染性疾病，包括发热原因待查、各部位感染等。近年来，在中国医院学科影响力排行榜多次取得前十位的成绩，疾病的研究和诊治处于国内同行的领先地位。
第七名：北京天坛医院-感染科
北京天坛医院的感染科是感染疾病诊疗和传染疾病防控的专业科室，包括感染科门诊、发热门诊、肠道门诊和感染科病房，在肺部感染及其他各器官感染诊疗方面逐渐形成科室诊疗特色，还擅长不明原因发热患者的鉴别、诊疗，多学科协作进行各类脓肿的诊疗等。曾经诊疗特殊病例包括盆腔组织脓肿、化脓性胆管炎、腰椎结核伴寒性脓肿、恙虫病、布氏杆菌病等。
第八名：首都医科大学宣武医院-感染性疾病科
首都医科大学宣武医院感染性疾病科由发热门诊、肝炎门诊、肠道门诊、感染病专家门诊组成，各有独立的候诊区、诊室，发热门诊还有独立的放射科。该科承担各种感染性疾病的诊治、疑难感染的会诊、指导抗菌药物的应用等临床工作，在传染病筛查、防控方面发挥着重要作用。发热门诊诊治各种感染性疾病引起的急性发热，肠道门诊诊治各种急性感染性腹泻，肝炎门诊诊治各种急慢性肝炎、肝硬化及其它肝功能异常。
第九名：中日友好医院-感染疾病科
中日友好医院感染疾病科开设肝病门诊、感染门诊等专病门诊，承担发热急诊、肠道门诊的工作。疑难肝病诊治是感染疾病科的科室特色，在疑难肝病尤其是自身免疫性肝病、药物性肝损伤、不明原因黄疸的诊断和治疗方面有极为丰富的经验。承担多项国家和北京市传染性疾病和病毒性肝炎的临床项目。近年来，参与国家重大科技专项6项，北京市重大科技专项2项
