阜阳市人民医院擅长的科室有心内科、呼吸内科、骨科、妇科、产科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、心内科
阜阳市人民医院心内科是安徽省临床重点特色、阜阳市优先发展临床重点专科，拥有一支以优秀学术带头人领导、结构合理、富有朝气、竞争力强、专业梯队合理的的学术队伍。本科在高血压、冠心病、心脏瓣膜病、各类心肌病、心律失常、先心病、肺血管疾病等诊断和治疗技术上处市内领先地位。
2、呼吸内科
阜阳市人民医院呼吸内科是安徽省医疗卫生临床重点专科，目前已成集医疗、教学、科研一体的综合性业务科室，基础设施及人员素质以及诊疗水平居阜阳市领先地位。主要开展对呼吸危重症、慢性阻塞性肺疾病、肺心病、肺癌、阻塞性睡眠呼吸暂停综合征、肺栓塞、支气管扩张等诊断及治疗工作。
3、骨科
阜阳市人民医院骨科是安徽省首批临床重点特色专科，多年来重视学科亚专业建设和医疗技术、服务水平的提升，积极进取，在医、教、研方面均衡发展，相互促进。阜阳市人民医院骨科是国家卫健委授予的“先天性结构畸形救助项目定点医疗机构”，拥有独立的骨科实验室，内设计算生物力学实验室、实验生物力学实验室、临床数据库等，开展基础及临床研究。脊柱病区成功开展了数千例脊柱畸形的矫治手术，手术难度和治疗水平进入国内先进行列。
4、妇科
阜阳市人民医院妇科是安徽省临床重点专科，技术力量雄厚，妇科微创手术如腹腔镜、宫腔镜、阴式手术已达到妇科手术的80%以上，常规开展腹腔镜下广泛子宫切除术、腹腔镜下盆腔及腹主动脉旁淋巴结清扫术，腹腔镜下早期子宫内膜癌全面分期手术，腹腔镜下髂耻韧带悬吊术治疗盆底障碍性疾病、TOT等，均达市内先进水平。
5、产科
阜阳市人民医院产科是建院以来首批设置的一级学科。妇产科被评为阜阳市首批临床重点专科，十二五安徽省临床重点培育学科。科室对救治妊娠及分娩期并发症、妊娠合并症等有丰富的抢救和治疗经验。发表核心期刊论文26篇，SCI论文8篇；开展新技术29项，科研立项7项，技术力量雄厚。