福州胸外科比较好的医院是福建医科大学附属第一医院、福建医科大学附属协和医院、福建省立医院，福建医科大学附属第一医院的胸外科在福建省最早开展胸腔手术，是全国一流、省内领先的胸外科疾病诊治中心，在国内或省内率先开展新技术十余项。福建医科大学附属协和医院胸外科是福建省最早成立的普胸外科专业科室和首批重点学科。福建省立医院胸外科的胸腔镜微创技术处于省内先进水平。
第一名：福建医科大学附属第一医院-胸外科
福建医科大学附属第一医院胸外科是该省最早开展胸腔手术和国内首批开展胸腔镜微创手术的老牌单位，现已成为全国一流、省内领先的胸外科疾病诊治中心。在肺癌、食管癌、手汗症、重症肌无力、纵膈肿瘤和其它胸腔疑难疾病诊疗方面居国内领先或先进水平，腔镜微创技术尤具特色和优势，在国内或省内率先开展新技术十余项，多次荣获“福建省科技进步奖”和“福建医学科技奖”。
第二名：福建医科大学附属协和医院-胸外科
福建医科大学附属协和医院胸外科是福建省最早成立的普胸外科专业科室和首批重点学科，为福建省胸心外科学博士点，现为福建省胸心外科研究所、胸心外科福建省高校重点实验室的重要组成单位。科室团队在“四分法”支气管吻合技术、“食管悬吊法”清扫喉返神经旁淋巴结、食管癌全程管理及改良快速康复、2.5野食管癌淋巴结清扫等技术居业内一流水平。
第三名：福建省立医院-胸外科
福建省立医院胸外科是由该省最早创立的肿瘤科胸组与福建省心血管疾病研究所心外科胸组于2007年1月联合组建而成。该科的胸腔镜微创技术处于省内先进水平，具备独立开展四级胸外科腔镜手术资质并获批为专科培训基地。科室组建以来，已荣获福建省科技进步奖1项、福建省医学科技奖1项，承担省部级科研项目10余项，发表SCI、国家级等论文50余篇，并参与《胸外科疾病诊疗指南》的编写。
第四名：福建中医药大学附属人民医院暨福建省人民医院-胸心外科
福建中医药大学附属人民医院暨福建省人民医院胸心外科，是福建省中西医结合研究院食管癌研究所挂靠单位，配置高清胸腔镜、纤维支气管镜以及心电监护仪等高精仪器设备。科室主要开展胸腔镜下肺部肿瘤、食管肿瘤、纵隔肿瘤等手术；纤维支气管镜下气道内肿瘤治疗和气管支架置入等气道介入治疗等。
第五名：福建医科大学附属福州市第一医院-心胸外科
福建医科大学附属福州市第一医院心胸外科系建院初期成立，该科从创立以来致力于胸腔疾病的临床诊治、教学和科研等方面的工作，同时开展了血管外科一系列重大项目，包括人造血管内支架植入术治疗胸腹主动脉瘤、假性动脉瘤、夹层主动脉瘤、导管溶栓治疗动静脉血栓等。近年来，科室也开展一系列肿瘤介入治疗项目，包括良恶性肿瘤供血动脉的药物灌注与栓塞、肿瘤压迫腔道后所致腔道梗阻的治疗，主要病种包括肺癌、肝癌、食道癌等。
第六名：福州肺科医院-胸外科
福州肺科医院胸外科是我省最早开展普胸外科的专业科室，技术水平及开展手术的难度居于全省先进行列，每年普胸肺外科手术例数居全省第一。开展了肺癌的规范化治疗，对Ⅲ期非小细胞肺癌实行了新辅助化疗→手术→辅助化疗（或放射治疗）及隆突成形术，广泛开展了支气管成形术、血管成形术、左心房部分切除术及心包内处理血管的全肺切除术等高难度手术。