杭州市萧山区中医院擅长内科、针灸科、推拿科、儿科、脊柱创伤科，这些科室均具备专业的医疗技术和诊疗能力，能够为广大患者提供优质的医疗服务。
1、内科
是医院的骨干科室，拥有多个专业的门诊科室及内科病房。开设有肿瘤专科、血液病专科、老年病专科、心内科、呼吸内科、内分泌科、肾内科、消化内科、神经内科。科室十分注重学习国外先进经验，紧跟国内医学发展步伐，积极与名医名院联手。
2、针灸科
科室作为中医传统科室，在历任科主任带领下，继承和发扬传统祖国医学，不断拓展业务范围，努力提升技术水平，率先在萧山区卫生系统开展“冬病夏治”、“督脉经铺灸”治疗。在风湿病、气管炎、面瘫、肥胖等方面的治疗上已在萧山区颇有影响，形成规模。
3、推拿科
是医院最具有中医传统特色的科室之一。承担着医学院校学生的实习带教和进修生的带教指导工作。科室以手法为治病的基本手段，结合中西药物内服外用和各类理疗仪器的辅助治疗，在各类骨伤科疾病的保守治疗中独树一帜。
4、儿科
为浙江省中医儿童哮喘重点专科、全国中医儿科呼吸系统疾病临床继续教育基地、浙江省中医儿童哮喘重点专科。科室技术力量雄厚，经验丰富，尤擅长小儿麻疹、肠炎、哮喘等婴幼儿疾病的诊治。
5、脊柱创伤科
是在萧山区中医院原骨伤科的基础上，在北京协和、上海长征、浙医二院、邵逸夫医院等的大力协助下，成立的特色专科，担负着萧山及周边县市四肢骨折、脊柱创伤、退变、畸形、肿瘤等疾病的诊治，是医院的重点科室，萧山区脊柱创伤科中的龙头。
