成都市新都区中医医院擅长骨伤科，儿科，针灸科、康复科，肛肠科，老年病科等。上述科室学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，能够为患者提供优质的医疗服务。
1、骨伤科
成都市新都区中医医院骨伤科是省中医重点专科，科室以“中西医结合”方法治疗骨关节疾病、运动医学疾病及下肢创伤骨病等为主。关节骨科对因关节创伤、退变、缺血坏死、发育不良、肿瘤等引起的髋膝关节疾病进行关节修复、置换与重建治疗。运动医学采用中西医结合方法治疗运动损伤及膝关节骨关节炎。创伤骨科以诊治四肢骨关节创伤为主要研究方向，形成了以本院名老专家独创手法为特色的的中医传统正骨手法、小夹板固定、中药内服、外敷诊治各类骨科病症。
2、儿科
成都市新都区中医医院儿科，系四川省重点中医专科，设有住院部和专家门诊、哮喘门诊、儿童保健门诊、中医外治门诊、肺功能检查室。科室为四川省中医药学会中医儿科专业委员会中医外治疗法专业组牵头单位及脾胃病副组长单位。科室积极开展中药穴位贴敷、小儿推拿、中药洗浴、艾灸、放血疗法、埋针疗法、中医直肠滴入、挑疳、经穴光疗、脐疗、耳穴埋豆等中医非药物治疗技术共31项；开展皮肤过敏原点刺试验。
3、针灸科、康复科
成都市新都区中医医院针灸科、康复科，是四川省重点中医专科，国家针灸临床研究中心（针灸）合作机构、四川大学华西医院康复医学基地和假肢矫形装配基地，郑州大学吞咽临床研究基地，与四川大学华西医院建立学科联盟、与成都中医药大学附属医院建立疼痛专科联盟。
4、肛肠科
成都市新都区中医医院肛肠科，系成都市重点中医专科、优质护理服务示范病房。科室设有三个专科门诊和一个住院病区，特设“女子肛肠疾病诊疗门诊”。拥有电子乙状结肠镜、局部熏蒸仪、激光治疗仪、红外线治疗仪、中药坐浴机等专科检查、治疗设备。科室以中西医结合治疗直肠肛门周围常见病、多发病及危急重症为特色，积极引进国内外先进诊疗技术治疗各种肛肠疾病。
5、老年病科
成都市新都区中医医院老年病科为四川省重点中医专科，是四川省重大疾病老年病中医药防治中心协作组之一、四川省老年临床协同网络联盟单位、成都市东北部区域性老年卒中中心分中心、成都中医药大学附属医院老年病专科联盟单位。科室设有两个专科门诊，一个住院病区，在诊治老年常见病、多发病、疑难病方面经验丰富，临床疗效显著，尤其在脑梗死、帕金森综合征、高血压病、眩晕、老年性痴呆等疾病方面有着独特的中西医结合治疗经验。