锦州三甲医院有锦州医科大学附属第一医院、锦州市中医医院、锦州市传染病医院等。锦州医科大学附属第一医院现有省级重点学科2个，省级临床重点专科16个，省级重点实验室4个等。锦州市中医医院注重专科专病的建设与发展，有的专科专病已构成一定的规模，知名度很高。锦州市传染病医院，法定传染病及烈性突发性传染病的诊治和检测达到辽西领先水平，形成了独特的治疗方法。
第一名：锦州医科大学附属第一医院
锦州医科大学附属第一医院是国家级大型综合性三级甲等医院，辽宁省三大区域医疗中心之一。集医疗、教学、科研、预防保健、急诊急救、公共卫生突发事件处置一体的大型三级甲等大学附属医院。现有省级重点学科2个，省级临床重点专科16个，省级重点实验室4个，省级转化医学研究中心及工程研究中心3个，省级临床医学研究中心2个；辽宁省高等学校重大科技平台1个，辽宁省科普基地1个。
第二名：锦州市中医医院
锦州市中医医院是一家以中医为主，中西医结合，集预防、保健、临床、康复为一体的综合性医院。医院坚持突出中医特色，注重专科专病的建设与发展，临床科室除内科、外科、中医科、儿科、妇产科、五官科、针灸科、眼科、口腔科、按摩科、皮肤科以外，独立的专科病占有一定的位置（如性病、结石病、肝病、肛肠病、类风湿、糖尿病等），有的专科专病已构成一定的规模，知名度很高。
第三名：锦州市传染病医院
锦州市传染病医院是集医疗、教学、科研为一体的传染病诊治中心。设有结核内科、结合外科、肝病内科、杂病科、血液净化科十四个临床科室和特色专科，医疗技术水平在辽宁省处于先进水平。拥有符合国家规范的千级和万级层流手术室，达省内传染病院一流水平。对各类结核病、肝病、麻疹、出血热等37种法定传染病及烈性突发性传染病的诊治和检测达到辽西领先水平，形成了独特的治疗方法。
第四名：锦州医科大学附属第二医院
锦州医科大学附属第二医院是一所以诊治口腔疾病为主，集医疗、教学、科研、保健、预防于一体的省属综合性医院，2012年医院口腔颌面外科被评为锦州市临床医学重点专科。医院拥有丰富的临床经验——医院每年开展口腔种植义齿修复手术近千例；是辽西地区首个开展显微根管治疗技术，能够有效诊疗牙体牙髓疑难复杂病例的口腔诊疗中心；在辽西地区首次开展儿童口腔无痛治疗新技术。
第五名：锦州市中心医院
锦州市中心医院为一所集医疗、教学、科研、预防、保健、急救、康复为一体的大型综合性国家三级甲等医院，设有48个临床医技科室，内科、外科、妇科、儿科、骨科、神经病学、眼耳鼻喉口腔、药理学、护理学9个教研室；拥有肿瘤科、心内科2个省重点建设学科，眼科、心外科、普外科、消化科、护理学5个市重点专科，骨科、泌尿外科、耳鼻喉科、康复科等9个市特色专科。
第六名：中国人民解放军联勤保障部队第968医院（锦州院区）
中国人民解放军联勤保障部队第968医院（锦州院区）始建于1945年11月，1995年通过全军第一批三级甲等医院评审，是驻辽西地区陆、海、空三军中心医院，是北部战区、辽西地区集医疗、教学、科研、预防、保健为一体的大型综合医院。医院共设置40个学科专业，是“全国慢病防治健康行大型公益活动”东北地区第一家慢病防治工作站。
第七名：锦州医科大学附属第三医院
锦州医科大学附属第三医院为集医疗、科研、教学、急救、预防、保健、康复等多功能于一体的省直大型综合性三级甲等医院，是国家卫生部认定的“爱婴医院”。医院已开展与国内水平同步的多项先进诊疗项目，形成了以泌尿外科、妇科、普外科腔镜微创手术治疗和心脑血管介入治疗为专长，以眼底病、超声乳化诊治和糖尿病健康管理为特色，以临床康复医学和老年病医学为重点的医疗模式。
第八名：锦州市康宁医院
锦州市康宁医院是锦州市卫生健康委员会所辖精神专科医疗单位，医院下设１４个临床科室、６个医技科室，其中，精神科为锦州市临床重点专科、心理科为锦州市临床优势专科。医院主要收治各种患有焦虑症、抑郁症、顽固性失眠症、躁狂症、强迫症、精神分裂症、反应性精神障碍、老年期精神障碍、酒精中毒、药物依赖及儿童精神障碍、孤独症、多动症、抽动症等精神与心理疾病的患者。
第九名：锦州市第二医院
锦州市第二医院是一所集医疗、教学、科研、预防保健和创伤急救为一体的大型三级综合性医院。以享誉辽西的重点专科——骨科为龙头，辅以脑外科、胸外科、普外科、泌尿外科等共同组成创伤急救系统。目前设有创伤骨科、矫形骨科、脊柱骨科、微创骨科(关节镜)、软伤康复骨科、手显微骨科等十个专业学科，已形成辽西地区规模最大，分科最全的骨科学科建设体系，饮誉省内，辐射辽西。
第十名：锦州市妇婴医院
锦州市妇婴医院现已发展成辽西地区妇产科治疗中心、婴幼儿抢救中心、计划生育指导中心、产前诊断中心、乳腺疾病治疗中心、腔镜治疗中心、性病检测治疗中心的现代化专科医院。医院引进培养医学硕士34人，博士3人，聘请省级以上医院的6位知名专家来院工作，十余名医务人员获国家、省、市着名医生、杰出医生称号。