深圳市中医院擅长的科室有肝病科、针灸科、肾病内科、内分泌科、脾胃病科等。
1、肝病科
深圳市中医院肝病科为国家区域(华南区)中医肝病诊中心、国家临床中医肝病(卫生部)重点专科、国家中医药营理局中医肝阳底学重点学科、广东省高水平临床重点专科，擅长采用中医或中西医结合治疗肝硬化、肝衰竭、肥胖及脂肪、自身免度性肝病、遗传性肝病等，最具特色疗法包括软肝方治疗肝硬化、疏肝消脂方治疗脂肪肝等。
2、针灸科
深圳市中医院针灸科是国家中医药管理局重点专科、广东省高水平临床重点专科、广东省中医重点专科、深圳市医学重点学科、深圳市中医临床重点专科，专科首创"调任通督针法”，用于中风、失眠、抑部喧得、不孕症等疾病的治疗。擅长用新三针、火针、浮针、媒腾神经节针法、艾灸、督脉灸、穴位贴敷、穴位埋线、放血等中医疗法治疗中风、面瘫、三又神经痛、偏头痛等痛证以及妇科疾病、儿童发育疾病、皮肤病等疾病。
3、肾病内科
深圳市中医院肾病内科是国家临床中医重点专科、国家中医药管理局重点学科、国家中医药管理局重点专科，学科人员团队结构合理，临床开展了肾穿刺活检术、肾病理、腹腹透析、血液透析等专科技术，擅长中西医结合治疗泌尿系结石、糖尿病肾病、肾综合征、慢性肾炎等肾脏疾病，重点进行中医药防治肾病方案的持续优化。
4、内分泌科
深圳市中医院内分泌科为国家中医药管理局“十二五”重点专科建设单位、广东省中医重点专科、广东省高水平中医临床重点专科、深圳市临床重点专科，主要开展以中医药为主，中西医结合治疗内分泌及代谢性疾病，如糖尿病及其急慢性并发症、甲状腺疾病、高血压病及继发性高血压、痛风及高尿酸血症、多囊卵巢综合征、骨质疏松、垂体下丘脑疾病、肾上腺疾病及其他各种疑难内分泌代谢病，具有满意的疗效。
5、脾胃病科
深圳市中医院脾胃病科，为国家中医药管理局重点专科建设单位、广东省高水平重点专科、广东省中医名科、广东省中医重点专科、深圳市中医临床重点专科。科室创制多种具有独特优势的中医验方和中药制剂，优势病种有慢性胃炎（包括慢性萎缩性胃炎）、胆结石、慢性结肠炎（包括溃疡性结肠炎）、胃肠息肉等，胆结石和胆息肉的微创诊疗技术省内先领，多次开全省内镜技术之先河，开展的经胃Notes保胆取石术，更达到国内领先水平。