成都中医药大学附属医院擅长眼科、心血管内科、呼吸科、脾胃病科、内分泌科，这些科室都有着高超的诊疗技术，患者可根据自身需求选择。
1、眼科
是全国中医眼病医疗中心、国家重点临床专科、国家中医药管理局重点专科、国家教育部重点学科、国家区域中医（专科）诊疗中心、国家中医临床研究（糖尿病）基地”。作为建院之初成立的四大科室之一，眼科坚持“突出中医特色，建立高西医平台，提高临床疗效”为核心，在全国中医眼科教科研各方面享有较大影响力。
2、心血管内科
是中国高血压中心、四川省第一家高血压达标中心、四川省十二五重点中医专科、国家心源性卒中防治基地、中国中医院最佳临床专科、中国胸痛中心。在国际上首次报道了左心室-冠状静脉瘘、发现并报道了两个遗传性蛋白S缺乏症家系、国内外率先开展了肥厚梗阻性心脏病心内膜射频消融、发明了经冠状动脉途径心肌病射频消融导管等多项满足国家医学发展需求的重大科研成果。
3、呼吸科
是该院建科最早的科室之一，为四川省重点中医呼吸专科（专病），是中医内科及中西医结合内科呼吸方向硕、博士授予点。经国家药监局认证为国家新药临床试验机构呼吸专业。拥有有创及无创呼吸机、除颤仪、排痰仪等有助于提高中医临床疗效的中医特色诊疗设备，现已成为名医荟萃、设备先进、技术精湛、环境舒适的知名科室。
4、脾胃病科
是由我国著名医学教育家李斯炽教授、著名脾胃病诊疗专家蒲辅周教授、冉品珍教授等创立，是成都中医药大学附属医院（四川省中医院）最早设立的科室之一。经过不断探索研发形成了慢性非特异性溃疡性结肠炎、慢性肝病、功能性消化不良、肠易激综合征、急慢性胰腺炎、慢性萎缩性胃炎等中医优势病种。
5、内分泌科
是西部地区中医药防治内分泌代谢疾病的龙头单位和临床、教学、科研培训基地，为国内首批中医内分泌专业硕、博士授权点、GCP中心，全国高等院校中医药类教材及卫生部“十二五”规划教材的主编或副主编单位。连年获评“中国中医医院最佳研究型专科”，目前已建成中医标准化代谢病防治中心，对糖尿病足病的防治达到了国内先进水平。
