深圳市孙逸仙心血管医院擅长成人外科、血管外科、高血压科、心律失常科、肺血管科。上述科室对于相关基础病及疑难杂症均具有丰富的检验、治疗经验，患者可根据自身情况选择对应科室就诊。
1、成人外科
是深圳市唯一开展心脏移植、人工心脏临床应用的科室，是深圳市开展胸腔镜微创心脏手术最早、例数最多的科室。获深圳市科技创新奖一项，科室拥有一流的技术、一流的设备，能够为患者提供一流的医疗服务。
2、血管外科
是深圳市为数不多的具有杂交手术室的周围血管外科专科之一，团队在主动脉瘤、主动脉夹层、血液透析通路等方面诊疗经验丰富。同时北京阜外医院团队的注入，使得腹主动脉瘤及夹层的外科、腔内和杂交治疗技术力量得以进一步加强。
3、高血压科
中心依托其自身能力建设和全院的综合学科优势，经过不懈努力，已发展成为粤港澳大湾区高血压领域最大的诊治中心之一，是集临床、科研和教学为一体的高血压专业机构，在原发性高血压、继发性高血压的诊断、治疗和科研方面处于国内领先地位。
4、心律失常科
是以各种疑难心律失常介入诊治为专业特色的心血管临床科室，为深圳市心律失常、心脏电生理的研究及临床工作做出了突出贡献，创造了深圳市该方面多项记录，是深圳市目前最大的心律失常中心。
5、肺血管科
收治深圳及华南地区外院转诊的危重疑难肺血管病患者，与心外科、影像等多科组成右心与肺血管疾病多学科诊治团队，从而为患者提供精准的个体化治疗方案，是深圳市肺血管病诊治的最高技术平台。
