中国中医科学院眼科医院擅长消渴目病科（糖尿病眼病）、目系眼病科、眼底病内科、圆翳内障科、眼表疾病科，上述科室均是医院的重点学科，临床医生经验丰富，患者可选择合适的科室就诊。
1、消渴目病科（糖尿病眼病）
是国内首家中医中西医结合糖尿病眼病防治中心，是国家中医药管理局重点学科和重点专科。科室曾连续六年荣获医院医疗工作先进一等奖。拥有中西医专家团队，实力雄厚，特色为采用中西医结合方法治疗糖尿病患者的各种眼病，尤其是糖尿病视网膜病变、黄斑水肿、玻璃体出血等，并取得良好临床疗效。
2、目系眼病科
是以国医大师唐由之研究员、首都国医名师庄曾渊研究员为学术带头人，以手术治疗青光眼、白内障，中医治疗眼底病为特色，是药物与手术并重发展的国家中医药管理局重点专科。主要从事青光眼、白内障、眼部血管病等疾病为主要科研与医疗病种的临床科室。
3、眼底病内科
为中国中医科学院眼科医院最早成立的科室。技术力量雄厚，具有较强中医、中西医结合眼科的学科特色和优势。开展了一系列以中医和中西医结合方法治疗视网膜疾病如年龄相关性黄斑变性、视网膜色素变性等，取得较好疗效，深受患者好评。
4、圆翳内障科
由眼科国医大师—唐由之教授创建，为中国中医科学院眼科医院白内障、综合眼外科手术治疗中心。科室以快速、无痛、微创手术为特色，结合中医围手术期调养，疗效好、满意度高。对各种儿童、复杂白内障的治疗达到世界先进水平。
5、眼表疾病科
是国家中医药管理局重点专科。开设病房和门诊，配备有专业的技术团队，医术精湛，临床经验丰富，擅长中西医结合诊治各种眼表疾病如干眼病、结膜病、眼睑疾病、角膜病、葡萄膜病及泪道疾病等，并取得满意疗效。
