首都医科大学附属北京世纪坛医院擅长腹膜肿瘤外科、变态反应科、消化内科、肝胆肿瘤外科、肥胖与代谢病中心。这些科室都有着高超的诊疗技术，患者可根据自身需求选择。
1、腹膜肿瘤外科
是我国首个专业化腹膜肿瘤诊治基地，为国际知名的腹膜癌诊疗中心和国际腹膜癌联盟的常委单位，科室参与制订了腹膜癌诊治国际指南，是“国际腹膜癌联盟•中国中心”、“欧洲腹膜癌学院•中国中心”。
2、变态反应科
为集科、教、研于一体的、具有中国特色的、独立的变态反应学科，是国家临床重点专科。自2015年至今，变态反应科连续6年进入中国医院科技量值排名百强，连续3年进入复旦版中国医院排行榜-变态反应前十强。科室拥有国内最大的特异性免疫治疗数据库之一，是全国的免疫治疗示范单位，走在国内前列。科室患者来自于全国各地及国外，年门诊量7万余人次，位居全国前列。
3、消化内科
是医院重点学科，是首批“北京市住院医师培训基地”，也是“国家卫生部内镜培训基地”。科室拥有一支技艺精湛、作风优良的专业队伍，开展国内外先进的治疗技术，在胃食管反流病、食管癌、消化性溃疡、胃癌、上消化道大出血、肝硬化等常见病及消化系统疑难杂症的诊治方面，积累了丰富的临床经验。
4、肝胆肿瘤外科
是国家级普通外科专科培训基地及外科住院医师规范化培训基地。科室技术实力雄厚，设备先进。配备有微波消融仪、冷冻消融仪、纳米刀消融仪等先进医疗设备。是目前北京市市属医院中唯一掌握纳米刀肿瘤消融技术的单位。在肿瘤的手术、化疗、生物靶向治疗、细胞免疫治疗等综合治疗方面处于国内先进水平。
5、肥胖与代谢病中心
为医院重点学科，是卫健委内镜技术培训基地、国家级专科医师及住院医师培训基地。科室还是国家医学会及医师协会、研究型医院学会等组织的副主委单位，医疗水平居于国内前10名，科研实力雄厚，经验丰富，是国内少数几家能够开展多种减重术式的科室之一。在国内率先开展了腹腔镜下直肠癌根治术，腹腔镜胃癌、结直肠癌的治疗技术在国内居于领先位置。
