山东大学第二医院擅长的科室有检验科、泌尿外科、乳腺外科、胸外科、肾移植科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、检验科
山东大学第二医院检验科是集医疗、教学、科研于一体的综合性科室，复旦专科排行榜排名第6，经过几代检验人坚持不懈的努力，在国内外具有较高的知名度。下设临床生化科、临床免疫科、临床分子生物学实验室等七个专业科室，在多个研究方向上颇有建树。检验医学中心在检验医学领域已处于国内领先水平。近年来对肿瘤免疫学和生殖免疫学进行了深入细致而富有特色的研究，在疾病标志物的筛选及早期诊断和诊断试剂的转化研发方面取得了突出的成绩。
2、泌尿外科
山东大学第二医院泌尿外科目前已成为省内首家国家临床重点专科，山东省医药卫生重点学科。膀胱癌尿流改道为科室特色，目前是省内唯一能够开展四种尿流改道术式的科室。常规开展各种尿道重建修复手术，特别对复杂尿道狭窄的治疗在省内处于领先地位。泌尿结石亚专业组2003年省内率先成立，技术水平达到省内领先、国内先进水平。
3、乳腺外科
山东大学第二医院乳腺外科已形成了具有自身特色和学术风格的专业，在国内外具有较高的知名度，对我国乳腺肿瘤专业发展做出了突出贡献。2014年被评为山东省重点专科，2019年被评为国家重点专科。临床医疗该学科在乳腺肿瘤领域，处于国际先进水平和国内领先水平。在全国开展了乳腺癌Ⅰ期重建术、钼靶引导下细微钙化病灶活检术，注重乳腺癌综合诊疗和全程管理，乳腺癌诊疗效果居国内领先水平。
4、胸外科
山东大学第二医院胸外科诊治的病种包括气管及肺良、恶性肿瘤，肺大泡、肺脓肿、肺囊肿、肺结核、气胸，手汗症等。较早于省内开展胸腔镜手术，手术水平和数量、诊治疾病种类和效果均处于先进水平。对食管良、恶性狭窄，食管各种瘘口和气管肿瘤及狭窄等疾病的诊断和治疗，有较深入的研究和丰富的经验。
5、肾移植科
山东大学第二医院肾移植科是山东省第一家专业的器官移植中心，是医院重点学科和特色专业。临床医疗肾移植科开展了相关的临床与基础研究，对组织配型、术后免疫监测，患者的术前术后处理、并发症的防治等都积累了大量的经验，很好地提高了生存率和长期存活率。尤其是对PRA阳性患者肾移植、多次肾移植以及移植后肺炎的处理积累了丰富的临床经验，肾移植技术居省内领先、国内先进水平。
