上海肛肠外科比较厉害的医院是上海交通大学医学院附属瑞金医院、复旦大学附属中山医院、复旦大学附属华山医院。
上海交通大学医学院附属瑞金医院肛肠外科是医院的特色专业，在疑难疾病诊疗上经验丰富。复旦大学附属中山医院普外科由沈克非教授创立，是国家双重重点学科，综合实力顶尖。复旦大学附属华山医院普外科历史悠久、亚专科齐全，是国家重点学科与临床重点专科。
1、上海交通大学医学院附属瑞金医院 肛肠外科
该科是医院的特色专业之一，在全国范围内拥有广泛的社会影响力。科室汇聚了国内外知名的专家教授团队，在结直肠肿瘤、复杂肛肠疾病等疑难病症的外科治疗方面造诣深厚。科室不仅拥有先进的诊疗设备，还自行发明了一系列实用的手术与照明器械，致力于在保证疗效的同时减轻患者痛苦。
科研方面，科室承担了国家自然科学基金、上海市科委基金等多项研究课题，展现了扎实的临床与科研基础。
2、复旦大学附属中山医院 普外科
科室由我国著名外科学家沈克非教授于1946年创立，历史悠久，底蕴深厚。现为国家教育部重点学科、国家临床重点专科及上海市“重中之重”临床医学重点学科，连续多年在中国医院最佳专科声誉排行榜中位居第二。
作为上海市普通外科研究所、临床营养研究中心及质控中心挂靠单位，科室在胃肠外科、肝胆胰外科等领域形成了强大特色，并以多学科协作（MDT）和微创外科为重要平台，代表了国内普外科的顶尖水平。
3、复旦大学附属华山医院 普外科
科室创立于1907年，现为国家级重点建设学科、卫生部临床重点专科（普外）及211/985工程重点建设学科，是复旦大学外科学系依托单位。学科下设肝胆外科、胃肠外科、甲乳外科、微创代谢疝外科和血管外科五大亚专科，发展均衡且实力雄厚。
在钦伦秀教授等顶尖专家带领下，科室在肝胆肿瘤、胃肠肿瘤、乳腺癌、腹壁疝、减重代谢手术及血管疾病的外科治疗方面均居国内领先地位，并设有多个专科医院与研究所，是集医、教、研于一体的国家级外科中心。
4、上海交通大学医学院附属仁济医院 普通外科
科室由一批临床经验丰富的高年资专家团队组成，在普通外科各类常见病、多发病及疑难病的诊治方面具备深厚造诣。团队尤其擅长甲状腺疾病、乳房疾病、胃部疾病、肝脏疾病、肠道疾病以及各类腹部外伤的规范化外科治疗，能够为患者提供全面、专业的诊疗服务，依托仁济医院的强大综合实力，是上海地区重要的普外科诊疗力量。
5、上海交通大学医学院附属第九人民医院 普外科
科室成立于1920年，聘请我国肠外瘘治疗与临床营养学奠基人黎介寿院士为兼职教授。其核心优势在于对肠瘘、短肠综合征、放射性肠炎等肠功能障碍疾病的外科治疗与营养支持，水平国内领先，并作为中国研究型医院学会肠外肠内营养专业委员会主委单位。
同时，科室在减重代谢外科（国内最早开展之一）、复杂腹壁缺损修复重建（技术达国际先进水平）以及各类胃肠肿瘤的腹腔镜微创手术方面形成了鲜明特色，是解决普外科疑难危重病症的重要中心。
