南充市中心医院擅长的科室有骨科、肛肠科、普外科、妇科等。
1、骨科
南充市中心医院骨科是川东北地区最早成立的建制科室，在川东北地区和四川省骨科界享有很高声誉，被评为四川省甲级重点临床专科，成为全省地市级医院中首个、川东北唯一骨科甲级重点学科。同时成立南充市中心医院骨关节中心，是南充地区唯一国家卫健委加速康复外科骨科试点医院科室，四川省骨科综合影响力排名第五。
2、肛肠科
南充市中心医院肛肠科是南充市级重点专科，南充市中医肛肠医疗质量控制中心副主任成员单位。擅长肛肠常见疾病如痔疮、肛瘘、肛裂、脓肿、息肉等，肛肠疑难杂病如环状混合痔、高位复杂性肛瘘、深部脓肿等，肛门出口及盆底疾病如盆底松弛综合征、盆底痉挛综合征、慢传输性便秘及出口梗阻性便秘等，肛周罕见及肛门皮肤疾病如肛周结核性溃疡、肛门湿疹、肛门尖锐湿疣等，肛门直肠肿瘤等的中西医结合治疗。
3、普外科
南充市中心医院普外科率先在川北地区进行首例疝修补术和阑尾切除术，科室勇于创新，发展进取，拥有一批高素质，高水平优秀人才，常年开展胃癌根治术、胃癌联合脏器切除术等多种术式手术治疗。近年来科室获省卫生厅科技进步奖2项，市政府科技进步奖6项，在省级以上刊物发表文章70余篇。
4、妇科
南充市中心医院妇科形成了一支人员梯队比较合理的高素质专业队伍，发表学术论文100余篇，获得发明专利2项，获南充市科技进步奖3项，通过科研成果鉴定8项。科室以微创妇科为特色，享誉川东北片区，在众多领域达到国内先进水平。是集医疗、教学、科研为一体的综合性重点科室，是四川省甲级重点专科、南充市危重孕产妇救治中心。