比较好的口腔黏膜科在北京大学口腔医院、四川大学华西口腔医院、上海交通大学医学院附属第九人民医院等。北京大学口腔医院是口腔专科医院，在复旦版“中国医院专科排行榜”中始终位列第一，对于口腔黏膜病的诊疗处于国内领先地位。四川大学华西口腔医院在复旦版排行榜中位列第二。上海交通大学医学院附属第九人民医院口腔黏膜病科，在口腔黏膜病的临床研究和疗效方面居全国领先地位，这些医院也比较好。
第一名：北京大学口腔医院
北京大学口腔医院是三级甲等口腔专科医院。复旦版“中国医院专科排行榜”自2010年发榜以来，一直荣列口腔专科第一名（已连续12年）；中国医学科学院2020年度中国医院科技量值（STEM）榜单第1名。其口腔黏膜科在复发性阿弗他溃疡、口腔扁平苔藓、口腔白斑病、口腔念珠菌病等的诊治水平在国内均处于领先地位，某些方面达到国际先进水平。
第二名：四川大学华西口腔医院
四川大学华西口腔医院被誉为中国现代口腔医学的发源地和摇篮，是国家首批三级甲等口腔专科医院，连续多年被评为全国最受欢迎口腔医院。复旦医院管理排行榜中国医院总排行榜中，位列全国口腔医院第二。其口腔黏膜科是全国历史最悠久、规模最大的口腔黏膜病综合诊疗中心之一，是国家级临床重点专科。
第三名：上海交通大学医学院附属第九人民医院-口腔黏膜病科
上海交通大学医学院附属第九人民医院口腔黏膜病科，是该院历史悠久的特色学科之一，为我国最早建立的、以研究和治疗口腔黏膜疾病为主的单位之一。科室在唇部疾病和斑纹类疾病的临床研究和疗效方面居全国领先地位，并在国际上有一定的声誉。对口腔黏膜良恶性溃疡、白色斑纹损害等的鉴别诊断能力强，形成了具有自身特色的口腔黏膜疑难杂症诊治方法。
第四名：空军军医大学口腔医院
空军军医大学口腔医院是中国人自己创办的第一所口腔专科医院，在2017年公布的全国第四轮学科评估结果中，医院荣获A+，与北京大学口腔医院和华西口腔医院并列全国第一。医院率先提出“无痛治疗、无交叉感染、无近远期碍害”口腔医疗理念，已经在国内口腔医学界广泛推广。
第五名：武汉大学口腔医院
武汉大学口腔医院口腔黏膜科技术力量雄厚，主要诊治各类口腔黏膜病。科室特色包括各类口腔癌前疾病和口腔癌的早期诊断技术和监测；口腔黏膜病相关过敏原筛查；常见口腔黏膜病如复发性口腔溃疡、口腔扁平苔藓等的规范化治疗；口腔黏膜病的物理治疗（光动力、激光、毫米波、微波等）、手术治疗、中西医结合治疗等。
第六名：首都医科大学附属北京口腔医院
首都医科大学附属北京口腔医院为为市属三级甲等口腔专科医院。口腔黏膜科主要从事各种口腔黏膜病的诊断和治疗工作，包括复发性口腔溃疡、扁平苔藓、白斑、慢性盘状红斑狼疮、天疱疮、变态反应性口炎及各种唇舌疾病等。此外，对牙周疾病的诊治也具有丰富的临床经验。
第七名：中山大学光华口腔医学院附属口腔医院
中山大学附属口腔医院是国家卫生健康委委属（管）专科医院，现已成为集医疗、教学、科研、预防、保健为一体全面发展的国内外知名医院。口腔黏膜病科擅长口腔黏膜病的诊治，包括复发性阿弗他溃疡、创伤性血疱和溃疡、口腔扁平苔藓等，同时对牙体牙髓及牙周疾病的诊治具有丰富的临床经验。
第八名：江苏省口腔医院
江苏口腔医院口腔黏膜病科，是省级临床重点专科，是江苏省规模最大、设备齐全和治疗先进的粘膜病专科诊室，主要开展粘膜病的临床诊断和治疗工作。常规开展口腔溃疡类疾病、口腔斑纹类疾病、口腔黏膜超敏反应性疾病、口腔大疱类疾病、口腔黏膜感染类疾病，开展的特色诊疗项目有口腔黏膜脱落细胞DNA倍体分析、口腔黏膜潜在恶性病损无创筛查等，临床诊疗技术省内领先，达国内一流。
第九名：中国医科大学附属口腔医院
三级甲等口腔专科医院为三级甲等口腔专科医院，在复旦大学医院管理研究所发布的中国医院专科综合和声誉排行榜上均位列口腔专业第9名，连续多年位列东北地区首位。口腔黏膜科作为东北区域该专业规模最大的临床专科，在口腔黏膜病的诊断和鉴别、癌前筛查、组织活检、激光治疗、中西医结合治疗、口腔黏膜美学和功能改善等方面位于国内先进行列。
第十名：南京市口腔医院
南京市口腔医院口腔黏膜科是华东地区较大的特色专科之一，为江苏省临床重点专科。多年来不断引进新技术新方法，目前在临床诊治口腔黏病，特别是复杂疑难黏障病方面形成了一整套较规范、完整、系统的治疗体系，科室现已成为国内很有影响力的专科之一。