上海脑科医院排名第一的是复旦大学附属华山医院，该医院神经内科是上海市医学领先专业重点学科，也是WHO神经科学研究和培训合作中心。上海脑科医院好的还有上海交通大学医学院附属瑞金医院、复旦大学附属中山医院，其神经内科分别为国家重点专科和国内首批成立的医学学科。
第一名：复旦大学附属华山医院-神经内科
复旦大学附属华山医院神经内科是上海市医学领先专业重点学科、WHO神经科学研究和培训合作中心、教育部国家重点学科、卫生部临床重点专科，是复旦大学附属华山医院的特色学科之一。除各类特需、特色、疑难病门诊以外，还设有各种近14种神经科专病门诊，包括重症肌无力、肌病、卒中筛查、癫痫、帕金森病和运动障碍、运动神经元疾病、多发性硬化等脱髓鞘病、慢性头痛、头晕、周围神经病、神经病理性疼痛、记忆障碍、睡眠障碍、神经遗传疾病等。
第二名：上海交通大学医学院附属瑞金医院-神经内科
上海交通大学医学院附属瑞金医院神经内科为国家重点专科、国家重点建设学科。科室开设了帕金森病及运动障碍、老年性痴呆及记忆障碍、癫痫、脑血管病及头痛、肌病、偏头痛专六大专病门诊，并成立了神经病学研究、帕金森病诊疗与研究中心、上海阿尔茨海默病中心。帕金森病的基础与临床研究一直是学科建设的重点，研究课题涉及帕金森病的动物模型、发病机制、神经显像诊断、脑细胞移植、基因治疗及临床药物治疗研究等，获国家、国家教委、卫生部、上海市科技进步奖7项，其中部分研究成果达到了国际先进水平，得到国内外同行的好评。
第三名：复旦大学附属中山医院-神经内科
复旦大学附属中山医院神经内科是临床医学中重要的二级学科，是国内首批成立的医学学科之一，是继华山医院、瑞金医院神经内科后上海市第三家获得国家临床重点专科建设项目的单位。目前神经内科是国家药理临床试验基地、神经病学博士学位授予点、复旦大学癫痫诊治中心之一、2007年全国及2009年上海市首批神经内科住院医生规范化培训基地。
第四名：上海交通大学医学院附属仁济医院-神经内科
上海交通大学医学院附属仁济医院神经内科由我国著名神经病学家周孝达教授创建，是上海乃至全国最早开设神经内科的大型综合性医院之一。在我国较早地开展脑电图检查及神经系统感染、脑血管疾病及颅脑外伤的救治。设有多个专病门诊，为各类常见神经系统疾病患者提供高质量、规范和长期的医疗服务。
第五名：上海交通大学医学院附属第九人民医院-神经内科
上海交通大学医学院附属第九人民医院神经内科是上海市第一批市级脑卒中中心，是上海市神经内科住院医师和专科医师规范化培训基地之一。以急性脑血管病的介入治疗、耳石症的诊治等为主攻方向，建立了特色鲜明的学科优势。开展神经介入手术，包括急诊取栓、颈动脉支架等。眩晕（耳石症）专病门诊患者人数在上海外于前列。