齐齐哈尔医学院附属第三医院擅长的科室有泌尿外科、皮肤科、口腔科、骨外科、儿科等。
1、泌尿外科
齐齐哈尔医学院附属第三医院泌尿外科承担着黑龙江省西部地区人群外科疾病的临床规范化诊治和危重症的救治工作，同时各亚专业努力开展本专业高、精、尖技术，诊疗水平达省内、国家先进水平。微创手术占总手术量的90%以上。
2、皮肤科
齐齐哈尔医学院附属第三医院皮肤科，在齐齐哈尔市区及周边地区享有较高的社会声誉。科室对皮肤科常见病、危重病、少见病的诊断及治疗有丰富经验。科室对于性病的诊治工作已具规模，在复杂、顽性性病的诊治上经过不断的摸索改进，已形成一套独具特色的技术，深受患者好评，并被齐齐哈尔市卫生局评为规范化性病门诊。
3、口腔科
齐齐哈尔医学院附属第三医院口腔科分为口腔颌面外科、口腔内科、口腔修复科、口腔正畸科。在牙体治疗方面，牙列缺失修复、牙列不齐矫治等方面技术较高，口腔颌面外科在面颈部肿瘤手术、颌骨骨折、三叉神经痛、唇腭裂序列治疗等方面市内领先，口腔内科在牙体治疗、黏膜病、牙周病治疗效果良好，口腔修复在牙列缺失固定修复、种植修复等方面市内领先，正畸科在复杂牙列不齐矫治方面有独到技术。
4、骨外科
齐齐哈尔医学院附属第三医院骨外科，是齐齐哈尔市级重点专科、齐齐哈尔市领军人才梯队、齐齐哈尔医学院重点学科，科室在脊柱外科方面研究在省西北地区处于领先地位，拥有一支专业的临床医疗及护理团队。是一个集医疗，教学，科研为一体的临床科室，对骨科常见病、多发病，尤其对显微外科、手足外科等疾病诊断及治疗有丰富的临床经验。
5、儿科
齐齐哈尔医学院附属第三医院儿科是集医疗、科研、教学为一体的综合性科室。儿科门诊、病房具有现代化科室特点，突出“以人为本”的管理理念，为小患者营造了温馨、舒适、愉快的就诊环境。拥有一支医疗技术精湛、经验丰富的临床医疗队伍。科室医生均能独立完成儿科常见病、急、重症的诊治。