北京中医医院顺义医院擅长的科室有脑病科、呼吸科、康复科、心血管科等。
1、脑病科
北京中医医院顺义医院脑病科是国家级农村中医重点专科、北京市级重点专科、北京基层中医药学科团队脑病学科基地。门诊设有中风、失眠、头痛、眩是等专病专台。科室人员技术力量雄厚，擅长治疗急性脑血管病、头晕/眩晕、头痛、面瘫、焦虑抑郁等疑难杂症。并擅长中医针刺、艾灸、泡洗、熏洗、穴位放血、拔罐等中医特色诊疗疗法。
2、呼吸科
北京中医医院顺义医院呼吸科，承担着顺义地区呼吸相关疾病中西医结合诊疗工作，是中医诊疗呼吸疾病的龙头科室。科室是北京市级重点专科及区级重点特色专科建设单位，与北京中医医院呼吸科联合共建。呼吸系统疾病及疑难危急重症救治能力处于北京地区中医院先进水平，尤其擅长运用中草药、中医穴位疗法治疗疾病，同时配合耳穴压豆、拔罐、穴位贴敷、针灸等多种中医诊疗技术。
3、康复科
北京中医医院顺义医院康复科，是北京市中医管理局“十二五”重点中医专科、北京市社区卫生服务人员康复专业技能培训考核基地、顺义区肢体残疾人康复指导中心、顺义区第一批临床重点专科、首批院级重点学科。康复科由康复病区、康复门诊、康复综合治疗区三部分组成，开设中风康复专台、眩晕病专台、痹病专台等，目前设立的的特色治疗区由运动治疗、作业治疗、言语治疗、物理因子治疗、脑功能训练、中医药特色治疗等多个治疗板块构成。
4、心血管科
北京中医医院顺义医院心血管科是市级重点专科，主要拥有心血管科专病专台门诊(胸痹心痛病专台、心衰病专台、高血压专台)、名老中医继承工作站(国家级名老中医崔德成工作室、许心如工作室分工作站)、专家门诊、普通门诊、普通病房、重症监护病房、心血管病研究室、心血管病教研室。目前已发展成为集医、教、研为一体的综合科室，拥有一批高素质、高水平的技术团队。