南京神经外科比较好的医院是南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院、东南大学附属中大医院，南京医科大学第一附属医院神经外科是国内最早的神经外科专科之一，是省内首个神经外科，率先开展多项治疗项目，是国内首批获认证的神经外科专科医师培训基地。南京鼓楼医院神经外科已成为疑难重症神经外科疾病诊治的中心，东南大学附属中大医院神经外科是江苏省最早建立的神经外科专科之一。
第一名：南京医科大学第一附属医院-神经外科
南京医科大学第一附属医院神经外科是国内最早的神经外科专科之一、省内首个神经外科，“十二五”科教兴卫医学重点学科。以神经肿瘤、功能神经外科、脑血管病为首的七大亚专科治疗组为机能单位开展临床工作。完成省内首例脑深部慢性电刺激治疗帕金森病，率先开展pressurecooker技术治疗脑动静脉畸形。学科为南京医科大学硕士生、博士生培养点、博士后流动站，国内首批获认证的神经外科专科医师培训基地。
第二名：南京鼓楼医院-神经外科
南京鼓楼医院神经外科为江苏省临床医学重点专科、江苏省”科教强卫”重点学科、江苏省脑血管疾病诊疗中心、南京市临床医学重点专科、国家卫生部住院医师规范化培训基地、全国首批神经外科专科医师规范化培训基地、江苏省神经外科专科护士培训基地，是南京大学等院校硕、博士研究生培养基地，博士后流动工作站。已成为疑难重症神经外科疾病诊治的中心。
第三名：东南大学附属中大医院-神经外科
东南大学附属中大医院神经外科是江苏省最早建立的神经外科专科之一，科室的学术地位一直走在江苏省的前列。科室包括微创神经外科治疗中心和功能神经外科研究所，是长三角、江苏及南京地区临床规模较大的神经外科诊疗中心，总体水平居国际先进。
第四名：东部战区总医院-神经外科
东部战区总医院现为全军神经外科研究所，江苏省医学重点学科，博士、硕士学位授权学科。神经外科目前开展床位169张，拥有4个病区、2个专科监护室（床位共35张）、4个专科手术间及1个DSA治疗间。科室在江苏内率先开展学科亚专业化，现成立六个亚专业中心：神经肿瘤中心、脊柱脊髓中心、脑血管病外科治疗中心、功能神经外科中心、神经介入中心和神经重症中心。在颅内动脉瘤手术与介入治疗、颅底深部肿瘤的手术治疗、脊柱脊髓疾病的手术治疗、垂体瘤的综合治疗等方面形成了鲜明的特色和优势。科室连续四年获得最佳专科排行榜提名，华东地区排名第四。
第五名：南京市第一医院-神经外科
南京市第一医院神经外科，是南京市临床重点专科，南京医科大学及东南大学硕士研究生培养点，卫生部住院医师规范化培训基地，中国立体定向神经外科联盟单位，北京大学临床科学家项目单位，南京医科大学神经外科学科联盟单位，南京市卒中筛查与防治基地外科病房。在颅内动脉瘤的介入治疗上，神经外科首创了“颅内编织支架压缩弹簧圈技术”和“灯笼技术”，首例“椎后路健侧颈7神经移位术”的成功实施填补了江苏省地区的空白。
第六名：南京脑科医院-神经外科
南京脑科医院神经外科创建于上世纪70年代初期，为国内神经外科分支学科发展最为齐全、最具活力的科室之一，烟雾病外科治疗、帕金森病DBS治疗、儿童脑瘫外科治疗等方面应用和研究取得突破性进展，处国内先进水平。先后被评为南京市神经外科重点专科、江苏省神经外科重点专科，卫生部临床专科医师培训基地，南京医科大学外科学（神经外科）博士、硕士学位授予点。
第七名：南京市第二医院-神经外科
南京市第二医院神经外科与国内多家权威神经外科机构保持良好的学术联系，为患者提供高水平的会诊及技术支持。科室可开展各种颅内、脊髓肿瘤的手术切除，微血管减压手术治疗面肌痉挛、三叉神经痛等，对于先天性疾病包括肿瘤、脑积水和脑脊髓畸形等经验丰富。
第八名：江苏省中医院-脑外科
江苏省中医院脑外科能够独立完成神经外科常见病、多发病的诊断和治疗工作，填补了三级甲等综合性中医院专科建设的空白。科室开创了神经外科疾病的中西医结合诊治的先河，中西并重，成为江苏省中西医结合神经外科学界的领头羊。
第九名：江苏省中西医结合医院-神经外科
江苏省中西医结合医院神经外科建立了重型颅脑损伤以及脑血管意外的救治绿色通道，常规开展颅脑损伤、脑血管病、颅内良恶性肿瘤等手术，积极开展微创神经外科手术。采用中西医结合辨证论治理念，提高了病人的生存质量，取得了良好的社会效益，获得业内人士和广大患者的好评。
第十名：南京医科大学附属江宁医院-神经外科
南京医科大学附属江宁医院神经外科配有专科先进手术设备，在南京地区首先开展糖尿病周围神经病变的手术治疗，通过周围神经减压手术治疗可有效缓解患者下肢疼痛、麻木等症状。主要开展各种颅脑损伤、脑出血、颅内及椎管内肿瘤、颅内血管疾病、周围神经疾病的诊断与手术治疗。