北京感染内科医院排名靠前的是北京协和医院、首都医科大学附属北京地坛医院、北京大学第一医院。
北京协和医院感染内科国内顶尖感染病诊疗中心，疑难重症感染与不明原因发热诊治国内标杆。首都医科大学附属北京地坛医院感染性疾病诊疗中心国家传染病医学中心核心单位，重症传染病与肝病诊治国内领先。北京大学第一医院抗感染科国家感染病临床重点专科，肝病中心实力雄厚，承担国家传染病重大专项。
1.北京协和医院 感染内科
医院最早成立的科室之一，李太生教授（全国先进工作者、博士生导师）领衔，是感染性疾病博士学位授予点、卫生部临床重点专科、国家级感染性疾病继续教育基地、国家级传染病药物临床试验基地。核心擅长疑难危重感染诊治、不明原因发热精准诊断、艾滋病及机会性感染综合治疗、抗生素合理使用与院感防控。
牵头制定《中国艾滋病诊疗指南》（更新5版），全国巡讲200余场；建立“四位一体”抗生素管理体系，获协和医疗成果一等奖10次、国家和省部级科技进步奖12次，在全国学会担任多项重要职务，引领感染病诊疗规范化发展。
2.首都医科大学附属北京地坛医院 感染性疾病诊疗中心
国家传染病医学中心核心单位，感染中心主任李兴旺教授（博士生导师、卫生部传染病临床专家组组长）领衔，陈志海主任（卫生部应急专家咨询委员会委员）团队主诊。感染一科擅长重症传染病（暴发性流脑、乙脑、重症出血热）抢救，病毒性肝炎与肝硬化并发症诊治造诣深厚；
感染二科多次参与制定国家和北京市重大传染病预案，承担疫情处置任务。科室承担北京大学医学部传染病教学与全国专科医师进修培训，在重症传染病救治、新发突发传染病防控、肝病抗病毒治疗领域国内领先，为北京急性传染病收治核心力量。
3.北京大学第一医院 抗感染科
国家感染病临床重点专科建设学科、国家肝病药物临床试验基地、国家传染病继续教育基地、北京市内科（传染病）重点学科。核心擅长疑难重症病毒性肝炎与肝病救治、新发突发传染病公共卫生应急、疑难重症感染性疾病救治、不明原因发热诊断。
主持多项国家“十一五”“十二五”“十三五”传染病重大专项、国家自然科学基金课题，拥有人工肝治疗室、病毒实验室等先进设施，在肝病与感染病诊疗领域国内影响力显著。
4.中国人民解放军总医院 发热疾病科
该科室形成完备的传染病筛查体系。核心特色为不明原因发热诊断研究，在国内具有较高知名度。开设发热专家门诊、普通门诊、隔离留观病房，拥有高级职称专家3人，专业技术人员20人，擅长各类发热性疾病鉴别诊断与传染病筛查，为军队与地方发热患者提供精准诊疗服务。
5.北京大学第三医院 感染疾病科
路明主任领衔，现拥有正高级职称4人、副高级职称2人，博士学历医师14人。核心擅长病毒性肝炎、脂肪肝等肝病诊疗，社区获得性肺炎、中枢感染等感染性疾病救治，不明原因发热与淋巴结肿大鉴别诊断。
为北京市住院医规范化培训基地、北大医学部八年制研究生教学基地，获国自然青年基金多项，发表高质量文章数十篇，临床试验项目稳步增长。
