上海感染科医院排名靠前的是复旦大学附属华山医院、上海交通大学医学院附属瑞金医院、上海市公共卫生临床中心等。复旦大学附属华山医院感染病学科为国家教委首批重点学科，是国内重要的病毒性肝炎相关肝病和其他感染病临床医疗中心之一。上海交通大学医学院附属瑞金医院感染科规模居全国前列，其感染科病毒实验室已被上海市批准为艾滋病初筛实验室。上海市公共卫生临床中心感染科是上海市公共卫生临床中心重点建设科室。
第一名：复旦大学附属华山医院-感染病科
复旦大学附属华山医院感染病学科为国家教委首批重点学科，数十年来在诊治经典传染病及感染病的医疗、教学、科研工作中已形成学科特色和优势，是国内重要的病毒性肝炎相关肝病和其他感染病临床医疗中心之一。在张文宏、张继明、王明贵等一批全国知名的教授专家领导下，病毒性肝炎的免疫发病机制研究，耐药的诊断方法与耐药监测以及个体化治疗，发热待查以及新发和再现感染性疾病的诊断，耐多药结核病的分子机制研究及其快速诊断技术的研制，深部真菌病的新型诊断方法和治疗研究等方面成果显著。
第二名：上海交通大学医学院附属瑞金医院-感染科
上海交通大学医学院附属瑞金医院感染科由临床、重症肝炎研究室、临床病毒研究室及传染病与流行病教研室组成。临床收治病种广泛，在综合性教学医院中，瑞金医院感染科规模居全国前列，目前科室除继续保持了在重症肝炎研究领域的领先优势外，在病毒变异研究、病毒性疾病分子诊断、慢性乙型、丙型病毒性肝炎抗病毒治疗的优化及耐药检测、肝移植术后乙丙型病毒性肝炎的复发、肝细胞损伤分子机制及治疗干预等研究方面都居于全国领先地位。感染科病毒实验室已被上海市批准为艾滋病初筛实验室。
第三名：上海市公共卫生临床中心-感染科
上海市公共卫生临床中心感染科，是上海市公共卫生临床中心重点建设科室。自成立以来，就肩负着收治除病毒性肝炎、HIV感染、传染性肺结核之外的传染性疾病（疟疾、登革热、伤寒、感染性腹泻、肾综合症出血热、麻疹等）的任务。同时也承担着一些新发传染性疾病的诊治工作。 在出色的完成了传染性疾病的防治任务之外，还在中枢神经系统感染、感染性发热等各类感染性疾病的临床和科研中取得突出成就。
第四名：复旦大学附属中山医院-感染病科
复旦大学附属中山医院感染病科，目前已开放床位49张，特设12个独立的负压病房，主要收治细菌和真菌引起的各类感染、疑似感染和发热待查的病人。根据国际先进理念，特设12个独立的负压病房。同时开设感染病专家门诊、专病门诊与普通门诊；并承担全院感染病的临床诊治和抗菌药物应用会诊任务。主要诊治范围：发热原因待查，呼吸道感染，心血管感染，消化系统感染，泌尿生殖系统感染，中枢神经系统感染，皮肤软组织感染、其他医院感染等。
第五名：上海交通大学医学院附属仁济医院-感染科
上海交通大学医学院附属仁济医院感染科，设有发热门诊、肝炎门诊、肠道门诊。近年来在《中国医院药学杂志》、《胃肠病学和肝病学杂志》、《中西医结合肝病杂志》、《中国医药》、《国际消化病杂志》、《中国基层医药》、《辽宁中医学院学报》、《辽宁中医杂志》等核心期刊杂志发表论文十余篇。
第六名：上海交通大学医学院附属第九人民医院-感染科
上海交通大学医学院附属第九人民医院感染科，已经成为集医疗、教学与科研为一体的综合性三级甲等医院的专业科室。2004年成为上海市住院医师规范化培训中心，2009年经CFDA审核批准建立肝病药物临床基地，近几年负责或参加了多项国际国内多中心临床研究。
第七名：上海市第六人民医院-感染病科
上海第六人民医院感染病科，是上海市综合性医院中感染病床位数规模较大的科室之一，在感染性疾病的临床诊治及教研方面形成了具有特色的临床科室，积累了对有关感染性疾病诊断、鉴别诊断及治疗的丰富临床经验。设有肠道、肝炎、感染发热门诊。病房为单独设立的楼房，病房各区分布合理，各种消毒隔离条件好。并设有特需病房，为患者治疗及休息提供了良好的条件。
第八名：上海长海医院-感染科
上海长海医院感染科，是上海市医学会感染病学和感染与化疗专业委员会副主任委员单位。拥有长海医院医疗效率优胜科室，集体嘉奖、医德医风优胜科室等荣誉称号。在血吸虫病、疟疾、流感等传统感染性疾病的临床和科研中取得突出成就，多次获得国家和军队的奖励。获得中华医学科技奖1项、上海市医学科技奖1项、军队科技进步奖二等奖1项，军队科技进步奖三等奖2项、军队医疗成果三等奖2项。
第九名：上海市第一人民医院-感染性疾病科
上海市第一人民医院感染性疾病科在原传染病门诊基础上于2011年8月整合而成，承担医院传染病诊疗和院内感染控制工作。科室开设24小时肠道门诊和发热门诊，另开设肝炎门诊。严格执行传染病流程管理各项制度，整体布局合理，是市区两级肠道传染病核心监控点，年门诊量6000余人次。
