晋城煤业集团总医院擅长骨科、眼科、妇科、口腔科、心血管内科等。
1、骨科
晋城煤业集团总医院骨科分为骨一科和骨二科。骨一科在全身严重多发骨关节创伤诊治方面达国内领先水平，治疗各种多发/多处上下肢严重开放性粉碎性骨折以及骨盆、髋臼、跟骨等特殊部位各类骨折。骨二科病区是晋城市重点科室，治疗四肢复杂疑难骨折，特别在合并血管、神经损伤的骨折方面积累了丰富的经验。
2、眼科
晋城煤业集团总医院眼科，拥有先进的眼科检查治疗设备，每年均承担有一定的科研及教学任务。在白内障、青光眼、眼外伤、眼底病、泪道病及小儿眼科等方面最具特色。购进先进的同视机、Hess屏、弱视刺激仪及三棱镜等设备开始进行正规的小儿斜视、弱视检查治疗及各种近视、远视、散光的矫治，在本市处于领先地位。
3、妇科
晋城煤业集团总医院妇科，由门诊、妇科、产科和计划生育科组成，是晋煤集团总医院的骨干科室，设备及技术属市内领先水平。开展微创的阴式大子宫切除术及经腹小切口子宫全切术、宫颈锥切术、阴道前后壁修补术、陈旧性会阴III度裂伤修补术等。根据不同孕周采取不同的引产、流产方法，并在无痛人流、无痛上环、取环等方面有丰富经验。
4、口腔科
晋城煤业集团总医院口腔科，拥有现代化的口腔诊疗设备与国际一流的口腔消毒设备，开展颜面、颈部各型骨折、外伤、良恶性肿瘤、囊肿、畸形及涎腺疾病等的外科手术治疗；运用国际一流的设备对各类牙周病进行针对性的标准化序列治疗，解除您口臭、口腔异味、牙齿出血、松动、咀嚼无力等疾患。
5、心血管内科
晋城煤业集团总医院心血管内科，为晋城市医学重点学科和晋煤集团总医院重点科室。拥有多参数生命体征中央监护系统、双相波心脏除颤仪、心脏临时起搏器、12导联同步心电图机等先进设备。医疗特色包括冠状动脉造影术的临床应用、经皮冠状动脉腔内成形术+支架植入术治疗冠心病、大面积急性心肌梗死、心源性休克、恶性心律失常等危重症的监护与抢救等。