江门市五邑中医院擅长的科室有妇科、肛肠科、脑病科、骨伤科、感染科等。
1、妇科
江门市五邑中医院妇科，是国家“十二五”重点专科建设单位、广东省中医重点专科、广东省高水平临床重点专科，采用中西医结合的方法，对妇科常见病、多发病如先兆流产、异位妊娠（宫外孕）、月经失调、更年期综合症、经前紧张综合症、妇科良恶性肿瘤，以及妊娠、产褥有关疾病的治疗，具有独创的优势。同时开展各类妇科良恶性肿瘤的手术，如肿瘤根治术、无痛人流等。
2、肛肠科
江门市五邑中医院肛肠科，是广东省中医重点建设专科，治疗一切肛肠良性疾病，特别是疑难疾病的诊治，如环状混合痔、高位复杂性肛瘘、小儿肛周脓肿、小儿肛瘘、肛周脓肿、高位直肠息肉等。发挥内服、外洗、外敷膏、丹、丸、散等中医药特色，对治疗痔疮、肛瘘、肛周脓肿、溃疡性结肠炎、肠炎等肛肠疾病均具有独特临床疗效。
3、脑病科
江门市五邑中医院脑病科，是国家临床重点专科、国家中医重点专科、广东省高水平临床重点专科，对以下病种重点进行中医药或中西医结合防治方案的持续优化的临床研究，以中风病(脑梗死)、痴呆(血管性痴呆)、面瘫病为重点病种；以帕金森病、重症肌无力、多发性硬化为疑难病种；以中风病(脑梗死)急性期、脑出血、重症肌无力危象为急危重病种。
4、骨伤科
江门市五邑中医院骨伤科，是广东省中医重点专科，江门市临床重点专科，以诊治四肢骨与关节损伤、创伤修复为临床主攻方向，并在肢体严重创伤的急、危、重症救治中积累丰富经验，形成了以四肢骨关节损伤及其并发症的治疗为技术特色，在严重骨与关节损伤的微创技术、骨折并发症及后遗症等疾病的诊治具有明显的技术优势。成熟运用骨科机器人导航技术治疗四肢骨折及骨盆髋臼骨折，致力于骨科手术精准化、微创化，达到国内领先水平。
5、感染科
江门市五邑中医院感染科，是国家中医药管理局“十一五”重点建设专科、国家中医药管理局“艾滋病”重点研究基地及传染病临床基地”。科室以中医药为特色善于加强临床与实验研究，突出艾滋病、慢性肝炎、肝硬化等疾病的综合手段治疗优势，不断拓展新的中医治疗手段。如中药外敷、中药提速透化疗法、中药结肠灌注透析疗法、针灸、中药熏蒸、穴位注射等。