南通市第一人民医院擅长心血管内科、消化内科、创伤骨科、妇科、内分泌代谢科。上述科室对于相关基础病及疑难杂症均具有丰富的检验、治疗经验，患者可根据自身情况选择对应科室就诊。
1、心血管内科
是江苏省临床重点专科、南通市临床重点学科、江苏省首批获得心血管介入诊疗资质的临床专科，配备数字减影血管造影机、心脏超声诊断仪等大型专用设备，常规开展冠心病介入治疗、复杂冠脉病变的介入治疗、各种类型心脏起搏器植入术等。
2、消化内科
是省级临床重点专科、市级科研重点建设专科、市级医学重点学科、南通市临床医学中心建设科室，科室能全面开展国内外领先的专科诊治系列项目，擅长诊治各类临床疑难、急重病例。
3、创伤骨科
是江苏省临床重点专科、南通市临床重点学科，科室以诊治骨关节创伤为主要临床任务和研究方向，着重骨盆及四肢急、危、重症的救治，是南通地区最早的创伤骨科之一。
4、妇科
是江苏省临床重点专科、南通市首批临床重点学科及南通市临床医学中心，科室设有妇科肿瘤、盆底功能重建 、宫颈诊断中心、妇科内分泌、不孕不育等特色专业，拥有先进的妇科设备，能够为患者提供优质服务。
5、内分泌代谢科
是江苏省实力较强的集临床、教学和科研为一体的内分泌与代谢性疾病诊治中心，是江苏省临床重点专科、南通市医学重点学科，科室对高渗性非酮症昏迷、甲亢危象等内分泌急危重症的抢救与管理有丰富的临床经验。
