菏泽呼吸科医院排名靠前的是菏泽市立医院呼吸内科、菏泽市中医医院呼吸内科、菏泽医专附属医院呼吸内科等，菏泽市立医院呼吸内科是菏泽市首批重点专科、市级临床重点学科，承担菏泽市呼吸医联体主办、呼吸内科质控中心挂靠等职能；菏泽市中医医院呼吸内科采用中西医结合方式诊疗呼吸系统疾病，开展耳穴压豆、穴位贴敷等多种中医特色诊疗项目；菏泽医专附属医院呼吸内科是医院重点发展科室，在肺癌、肺栓塞及胸膜疾病诊治方面处于省内先进水平。
1、菏泽市立医院 呼吸内科
该科室成立于1984年，是菏泽市首批重点专科、市级临床重点学科，同时为中国肺癌防治联盟肺结节诊治分中心、中国戒烟联盟山东联盟理事单位、上海瑞金医院呼吸专科联合体成员单位，也是菏泽市呼吸医联体主办单位、菏泽市呼吸内科质控中心挂靠单位。科室诊疗范围覆盖慢性气道疾病、呼吸道感染性疾病、肺部及气管支气管良恶性肿瘤与肺结节、肺血管疾病、间质性肺疾病、胸膜疾病、睡眠呼吸暂停低通气综合征、呼吸危重症等八大类呼吸系统疾病诊疗服务。科室构建了完善的介入呼吸病学体系，可开展超声支气管镜技术、气道内肿瘤消融治疗、气道内支架置入术、冷冻肺活检、硬质支气管镜、内科胸腔镜、经支气管镜热蒸汽消融术等高难度技术，同时可开展多种模式机械通气及高流量氧疗、呼吸康复、慢阻肺等疾病生物制剂治疗等特色项目。
2、菏泽市中医医院 呼吸内科
该科室自2017年11月成立以来，针对肺炎、慢性支气管炎、肺气肿、肺心病、支气管哮喘、支气管扩张症、肺间质纤维化、肺栓塞、呼吸衰竭等呼吸系统常见疾病，采用中西医结合、标本兼治、内服外用的方法开展诊疗，总结出一系列优质诊疗方案应用于临床，取得了满意疗效。针对呼吸系统疑难杂症如各种胸腔积液、发热、急慢性咳嗽、肺癌的诊断与治疗，该科室也积累了成熟的诊疗经验。科室中医诊疗氛围浓厚，在中医汤剂治疗基础上，还开展耳穴压豆、穴位贴敷、艾灸、针刺、拔罐等特色诊疗措施，针对不同疾病辨证选穴施治。此外，科室还成立慢性阻塞性肺病病友会、支气管哮喘病友会，定期随访并举办健康讲座，及时解答患者疑问。
3、菏泽医专附属医院 呼吸内科
该科室是医院重点发展科室，下设普通门诊和住院部，配备奥林巴斯290电子支气管镜、德国“狼”牌硬质气管镜、高频电与氢气刀、肺功能检测机、进口12导同步动态心电图、无创呼吸机、除颤仪、心电监护仪等专业诊疗设备。科室诊疗以慢性呼吸道疾病为核心，覆盖急慢性支气管炎、慢性咳嗽、支气管哮喘、肺部感染、支气管扩张症、慢性阻塞性肺气肿、呼吸衰竭、肺源性心脏病、睡眠呼吸障碍及相关疾病等病种，在肺癌、肺栓塞及气胸、胸腔积液等胸膜疾病诊治方面处于省内先进水平。
4、菏泽市牡丹人民医院 呼吸与危重症医学科
该科室是牡丹人民医院重点建设专科，也是牡丹区呼吸内科疾病诊疗基地，经过30余年的发展，已成为牡丹区及周边县区技术最全、水平较高、综合实力较强的呼吸专科，在菏泽市及周边县市有一定知名度，医疗服务辐射牡丹区及周边县区。科室年门急诊量1万余人次，年收治住院病人2200多名，设有独立RICU病房、普通病房，常年开设专家门诊及戒烟咨询门诊、慢病门诊，配套有治疗室、肺功能检查室、电子支气管镜检查室。科室可开展哮喘与慢阻肺规范化诊疗、肺部恶性肿瘤多学科会诊、肺血栓栓塞症规范化治疗、支气管镜及气道介入治疗、经皮肺穿刺活检、微创胸腔闭式引流术、机械通气等多项诊疗技术，每年免费开展哮喘及慢阻肺患者义诊及健康科普活动。
5、单县中心医院 呼吸内科
该科室创建于1983年，是菏泽市医疗质量示范科室、山东省护理质量示范科室、菏泽市重点专科，下设门诊、内镜诊疗室、睡眠监测室、肺功能检查室等专业组。科室诊疗范围覆盖广泛，在急慢性支气管炎、支气管哮喘、支气管扩张症、良恶性大气道狭窄、慢性阻塞性肺疾病、呼吸衰竭、肺源性心脏病、肺炎、肺癌、肺栓塞、自发性气胸、胸腔积液、胸膜肿瘤、睡眠呼吸障碍、肉芽肿疾病、弥漫性实质性肺疾病等疾病诊治方面积累了丰富经验。科室可开展支气管镜下纵隔淋巴结穿刺活检、大气道狭窄支架置入、支气管镜下肿瘤切除、内科胸腔镜诊疗、经皮肺穿刺活检、恶性胸腔积液胸腔闭锁术、急慢性呼吸衰竭无创通气等多项技术，配备德国耶格肺功能测定仪、日本Olympus电子支气管镜与胸腔镜、睡眠呼吸监测系统等专业设备。
