合肥脑科医院排名第一的是安徽医科大学第一附属医院，该医院神经内科是卫生部临床重点专科建设项目、卫生部脑卒中筛查与防治基地。此外，合肥脑科医院排名靠前的还有安徽省立医院、安徽医科大学第二附属医院，安徽省立医院神经内科在脑卒中临床筛查及缺血性脑血管疾病的血管内介入治疗方面处于全省领先地位；安徽医科大学第二附属医院神经内科建设有5个特色亚专科，在省内同级医院处于前列。
第一名：安徽医科大学第一附属医院-神经内科
安徽医科大学第一附属医院神经内科是卫生部临床重点专科建设项目、卫生部脑卒中筛查与防治基地。神经心理与认知障碍亚专科在国内具有绝对优势，学科近年来围绕神经调控技术在脑功能及脑疾病中的应用开展了大量的探索性研究，优化了刺激序列与靶点，实现了导航引导下的TMS个体化精准刺激，在帕金森病、抑郁症、抽动症等并取得了一系列成果。
第二名：安徽省立医院-神经内科
安徽省立医院神经内科现已成立脑血管病介入诊疗亚专科、认知障碍亚专科，同时逐步成立神经免疫疾病、帕金森病、神经重症、神经遗传、癫痫、周围神经与肌肉疾病、睡眠障碍等多个亚专科，促进学科全面发展。在脑卒中临床筛查及缺血性脑血管疾病的血管内介入治疗方面处于全省领先地位，常规开展颈动脉支架植入术（CAS），椎动脉支架植入术，锁骨下动脉支架植入术，大脑中动脉支架植入术，基底动脉支架植入术，肾动脉支架植入术。
第三名：安徽医科大学第二附属医院-神经内科
安徽医科大学第二附属医院神经内科建设有脑卒中及危重症、帕金森病及运动障碍、睡眠障碍、癫痫与神经系统发作性疾病、神经炎性免疫肌病5个特色亚专科，在省内同级医院处于前列。高级卒中中心以及神经危重症监护能够独立完成缺血性卒中超早期静脉溶栓和急诊动脉溶栓、动脉取栓。具有先进的多导睡眠监测系统，能够完善夜间多导睡眠监测及白天多次小睡实验检测，积极开展脑卒中、帕金森等神经系统疾病的睡眠障碍检测研究。
第四名：合肥市第一人民医院-神经内科
合肥市第一人民医院神经内科配备了2个神经电生理检查室，2个睡眠监测室，1个神经心理学实验室以及1个神经调控治疗室，脑血管病、癫痫、痴呆、帕金森病、睡眠障碍为主要发展方向。常规开展了脑血管造影，脑血管狭窄支架植入术以及急性缺血性脑血管病的静脉溶栓、动脉取栓术，24小时为急性卒中患者提供全面的医疗保障。
第五名：合肥市第二人民医院-神经内科
合肥市第二人民医院神经内科拥有重复经颅磁刺激仪、呼吸机、视频脑电图仪、无创颅内压监测仪、全脑亚低温治疗仪、吞咽治疗仪、护理无线PDA系统等10余项先进仪器设备。以脑血管病的诊疗研究为主要的亚专科方向，细化脑血管病、癫痫与睡眠障碍及神经重症三个亚专科建设，协同发展癫痫与睡眠及神经重症亚专科，主要技术有无创脑血管成像技术、自主完成脑电图、肌电图、经颅多普勒超声、脑干诱发电位等神经科相关技术操作。