云南大学附属医院擅长的科室有内分泌科、神经内科、消化内科、普通外科、康复医学科等。
1、内分泌科
云南大学附属医院内分泌科是治疗糖尿病、肥胖症、骨质疏松、痛风、脂质代谢紊乱以及甲状腺、垂体、肾上腺、性腺、甲状旁腺等疾病的临床科室。1990年获得硕士、博士学位授予点，1992年批准为全军内分泌专科中心，1996年成为博士后流动站，1997年先后被批准为全军内分泌代谢病重点实验室、国家新药临床研究中心。现有博士生导师4名，硕士生导师5名。主要承担内分泌代谢病的医疗、保健、科研和教学任务。
2、神经内科
云南大学附属医院神经内科现为国家卫健委高级卒中中心建设单位，中国抗癫痫协会一级癫痫中心。是云南大学、昆明医科大学、大理大学、云南中医药大学硕士研究生培养点（神经病学、内科学、医学遗传学、护理学），国家级住院医师规范化培训基地（神经内科专业）。主持省部级各类科研课题17项，先后获得多项云南省卫生科技成果奖，形成了集医疗、教学、科研、康复及健康教育为一体的特色科室。
3、消化内科
云南大学附属医院消化内科是诊治消化系统疾病的专业临床学科，承担着食管、胃、肠、肝、胆囊、胰腺等消化系统脏器疾病的医疗、教学、科研等工作，拥有省内一流的医疗技术水平和医疗设施。多年来诊治了大量消化系统疾病患者，形成了消化性溃疡、肝硬化、结核性腹膜炎及肠结核、炎症性肠病、急慢性腹泻、消化道出血等常见病、多发病的系统诊治规范，在疑难危重病症的诊治方面积累了丰富的临床经验。
4、普通外科
云南大学附属医院普通外科是集普通外科、肝胆外科为一体的多学科院中心科室，是国家临床重点专科。普通外科技术力量雄厚，设备精良。普通外科开展的125I粒子组织间放射治疗癌症，主要治疗肝、胆、胰、脾疾病，腹膜后肿瘤，胃肠道疾病，甲状腺、乳腺及周围血管疾病。
5、康复医学科
云南大学附属医院康复医学科为医院核心科室之一，是国家临床重点专科，围绕医院在神经医学的特色，聘请了受过正规神经医学康复专业培训，经验丰富的专业康复师，配合医院完善的设备，为神经外科、神经内科和神经精神科的各科患者提供完善的康复服务。目前开放床位60张，配有较先进的康复设备50余台件。理疗、康复设备齐全，病房宽敞明亮、空调、暖气、闭路电视、洗浴设施齐备，无障碍病区。