安徽省胸科医院擅长的科室有结核科、呼吸科、肿瘤科、心胸外科、胸外科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、结核科
安徽省胸科医院结核科是“十二五”、“十三五”安徽省临床重点专科，主持或参与国家级和省级科研课题10余项，在国家级学术期刊发表论文数10篇，获得安徽省科技厅科技成果一项。设有8个病区，下设结核性胸膜炎科、菌阴肺结核科等6个亚专科，年门诊量25000人次，年出院15000人次，获得全省广大病友及业内同仁们一致好评和肯定。
2、呼吸科
安徽省胸科医院呼吸科在医疗技术开展、科研学术能力、医疗质量管理、人才队伍建设、医疗设备配备、专科规范管理等多方面均为省内一流，亚专科肺脏病介入和内镜诊疗技术走在全国前列，成为中国医师协会呼吸内镜医师培训基地；放射介入科作为亚专科开展了一系列呼吸系统及相关疾病的综合诊疗，其技术处于安徽省相关领域领先地位。
3、肿瘤科
安徽省胸科医院肿瘤科是2020年度安徽省级临床重点专科、安徽省重点特色专科。肿瘤科是集医疗、教学、科研为一体的学科，针对各种实体肿瘤，如肺癌、乳腺癌及软组织肿瘤等，进行综合治疗。包括恶性肿瘤的围手术治疗（新辅助治疗和术后辅助治疗）、转移性肿瘤的全身化疗、免疫治疗、靶向治疗、内分泌治疗和微创治疗等，尤其在肺癌的早期诊断、肺小结节的鉴别诊断、肿瘤的靶向治疗及免疫治疗方面有丰富的临床经验，连续多年参与我省肺癌早筛项目（国家级）。
4、心胸外科
安徽省胸科医院心胸外科是安徽省临床医学重点专科科室，科室配备有多功能心电监护仪、呼吸机、除颤仪等医疗设备。亚专科特色开展肺、气管、支气管、食管、胸膜、胸壁及纵隔等胸部疾病手术及综合治疗。
5、胸外科
安徽省胸科医院胸外科已广泛开展普胸外科各类良恶性疾病（肺、气管、纵隔、胸壁、食管、贲门等脏器疾患）的诊断和鉴别诊断、外科手术及围手术期抗肿瘤、抗结核等辅助治疗。尤其在肺部磨玻璃样小结节（GGO）、各类肺癌、纵隔肿瘤、食管癌以及结核性毁损肺、难治性肺结核、耐多药肺结核、肺结核合并空洞大咯血等疾病的外科治疗处于省内领先水平。