浙江中医药大学附属第二医院擅长风湿免疫科、肺病科、肝病科、骨伤科、泌尿外科。上述科室实力雄厚，能够为常见和疑难罕见疾病患者提供高质量的诊疗服务。
1、风湿免疫科
是中西医结合特色鲜明的国家重点专科、浙江省中医药管理局重点学科、浙江省“重中之重学科”，科室集医疗、教学、科研于一体，在国内外同行中具有较大影响力，诊治了一批又一批风湿免疫病患友，赢得了社会广泛赞誉和良好口碑。
2、肺病科
是国家中医药管理局“十二五”重点专科、“十三五”浙江省中医药（中西医结合）重点学科，科室对慢性咳嗽、慢性阻塞性肺疾病、呼吸衰竭、支气管哮喘、支气管扩张等各种呼吸系统疾病的中西医诊治具有丰富经验。
3、肝病科
是杭州市区设立肝病专科最早的综合性医院之一，也是浙江省内唯一的国家中医药管理局中医肝病重点专科，在中西医结合防治病毒性肝炎、肝硬化腹水、肝癌等方面积累了丰富的临床经验，临床充分注重发挥中医药特色和优势，在业界和患者中形成了良好的口碑。
4、骨伤科
是浙江省最早成立的骨科专业科室之一，是国家骨伤科重点专科、浙江省中医药重点学科、浙江省中医药重点专科，科室集医疗、教学、科研、急救和康复为一体，擅长中西医结合治疗骨科各种疾病。
5、泌尿外科
目前为国家中医临床重点专科、国家中医药管理局“十二·五”重点专科建设单位、浙江省中医药管理局重点学科等，同时在国家中医药管理局领导下牵头修订了“石淋病”、“阳痿病”中医诊疗指南。
