南京小儿眼科医院排名比较靠前的是南京医科大学眼科医院、南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院。
南京医科大学眼科医院在江苏率先开展多项小儿眼科特色诊疗，斜视弱视、医学验光配镜等专科水平突出。南京医科大学第一附属医院眼科为省级临床重点专科，设有小儿眼病亚专科，是区域性眼科疑难病症诊疗中心。南京鼓楼医院眼科开展复杂性斜视矫正等小儿相关眼科手术，专科设备先进，教学科研实力雄厚。
1.南京医科大学眼科医院 眼科
南京医科大学眼科医院眼科实行专病专治，在江苏省率先开展多项特色诊疗并处于领先地位，配备先进的斜视弱视诊疗设备，对斜弱视患者开展全面规范检查和视功能训练，提高弱视治愈率，开展疑难性斜视显微手术矫正，同时开展医学验光配镜、角膜塑形镜验配等项目，可有效阻止儿童近视加深，还开展早产儿视网膜病变诊治等小儿相关眼科诊疗，覆盖儿童常见眼病及疑难病症。
2.南京医科大学第一附属医院 眼科
南京医科大学第一附属医院眼科是江苏省临床重点专科、江苏省眼科医疗质量控制中心、江苏省眼库，设有小儿眼病亚专科，拥有全套先进眼科诊断设备，可开展各类儿童眼病诊疗，作为省内复杂视网膜疾病手术治疗中心，能开展早产儿视网膜病变相关诊疗，接收全省及全国儿童眼科疑难杂症患者，承担国家级科研课题，获中华医学科技奖等多项科研奖励。
3.南京鼓楼医院 眼科
南京鼓楼医院眼科拥有先进的眼科诊疗设备，开展复杂性斜视矫正术等小儿相关眼科特色技术，具备儿童常见眼病及疑难眼病诊疗能力，是多所高校眼科学博硕士生培养点及国家眼科住院医师规范化培训基地，学科带头人担任多项省级及以上眼科专业职务，发表大量学术论文，主持多项省市级科研项目，在儿童斜视、屈光不正等病症诊疗上经验丰富。
4.东南大学附属中大医院 眼科
东南大学附属中大医院眼科以弱视和斜视的诊断治疗为优势特色项目，是江苏省最大的弱视斜视治疗点之一，治疗水平接近国内领先，相关技术获江苏省卫生厅新技术引进一等奖、二等奖，同时开展角膜塑形技术控制儿童近视，可开展三甲医院各类儿童眼科诊疗项目，拥有眼底病研究室，参与国家防盲工作，曾获国家七部委授予的防盲先进集体称号。
5.东部战区总医院 眼科
东部战区总医院眼科配备全套进口眼科检查治疗设备，较早开展角膜移植、眼底荧光造影、白内障超声乳化等技术，可开展儿童常见眼病及疑难眼底病诊疗，具备儿童屈光不正、斜视等病症诊治能力，开展眼部整形美容等相关手术，与国内外知名眼科专家保持学术交流，承担南京大学医学院眼科学研究生培养任务，积极开展眼科临床科研工作。
