福建小儿消化科医院排名比较靠前的是福建省儿童医院、福建医科大学附属第一医院、福建医科大学附属协和医院。
福建省儿童医院儿科的NICU是福州市重点专科，设备先进，擅长危重新生儿救治，学科带头人学术造诣深厚。福建医科大学附属第一医院儿科是省级临床重点专科，为全省儿科医疗教学科研中心之一，教学与科研成果丰硕。福建医科大学附属协和医院儿内科是省内最早的儿科硕博培养基地，多个亚专业达国内先进或省内领先水平，疑难重症救治能力突出。
1、福建省儿童医院 儿科
科室NICU是集医、教、研于一体的福州市重点专科，设备先进，配备一体化新生儿转运系统、新生儿神经监护系统等多种进口高端仪器。擅长省内危重新生儿转运、重度高胆红素血症换血治疗、危重新生儿抢救及超早产儿综合救治，最低救治体重达24周560g。
科主任章丽燕博士为福州市高层次引进人才，担任多项国家级、省级学术职务，参与多项国家及省厅级课题，参与获得省级科技成果奖一等奖、宋庆龄儿科医学奖一等奖，整体救治水平居省内前列。
2、福建医科大学附属第一医院 儿科
科室是集医疗、教学、科研于一体的省级临床重点专科，为全省儿科医疗教学科研中心之一，也是国家综合癫痫中心核心科室、国家级儿科住院医师规范化培训基地、儿科学硕士研究生学位授予点。设有多个亚专业及专病门诊，配备齐全专业检查设备，擅长各类儿科疾病诊疗。
先后荣获多项集体荣誉，《儿科学》课程获评多项省级优质课程，承担多项省级以上科研项目，发表论文360余篇，获25项科技成果奖，教学与临床实力稳居省内前列。
3、福建医科大学附属协和医院 儿内科
科室是福建省最早的儿科硕、博士研究生培养基地，国家级儿科医师规范化培养基地、省级临床重点专科，为全省儿科临床、科研和教学中心。儿童医学心理学专业是省内儿科唯一领先医疗特色专业，儿童神经专业为国家药物临床试验基地，牵头多项省级以上联盟工作。
多个亚专业达国内先进水平，开展肝移植、基因修正治疗等新技术，承担多项国家及省级课题，获多项科技成果奖，专家团队在各级学术组织担任重要职务。
4、福建省立医院 儿科
科室始建于1938年，在省内儿科界享有盛誉，是多所院校教学基地、硕士研究生培养点、国家级住院医师规范化培训基地，为全省儿科医疗教学科研中心。前辈叶孝礼教授获首届中华医学会儿科“终身成就奖”，是国内儿科中西医结合领域学术带头人。
擅长儿科疑难危重症救治，小儿神经、呼吸、内分泌等亚专业特色鲜明，学科带头人陈琅教授、陈巧彬副教授等造诣深厚，承担近20项国家级和省部级课题，获多项省级科技进步奖，接收全省及邻近省份转诊病患。
5、厦门大学附属第一医院 儿科
科室成立于1971年，是福建省综合性医院中规模最大、专业最齐全的儿童医疗救治中心，拥有多项国家级、省级荣誉及基地资质，是全省唯一国家呼吸系统诊疗中心福建省分中心。涵盖12个亚专科，儿童哮喘专科管理获全国奖项，屋尘螨变应原皮下注射特异性免疫治疗获国际认证。依托多个科研平台，获4项授权专利及6项软件著作权，参与制定25项诊疗指南，发表多篇SCI及中华系列论文，教学体系完善，综合实力达省内领先、国内先进水平。
