曲阜市中医院擅长针灸科、骨伤科、肿瘤科、儿科、肝胆脾胃病科。上述科室实力雄厚，能够为常见和疑难罕见疾病患者提供高质量的诊疗服务。
1、针灸科
是中医院成立最早的科室之一，被评为济宁市“十二五”重点中医专科建设单位，可开展各种传统治疗手法如毫针、三棱针、头针和督灸、脐灸等各种灸法，同时在长期临床和研究的基础上建立了一套完整的治疗体系，现已成为在周边地区有较大影响力的科室。
2、骨伤科
是山东省中医药重点专科、济宁市“十二五”重点中医专科，主要开展中西医结合治疗骨折、骨病、伤筋、脱位、肿瘤等疾病，其中自制了“活血通脉汤”、“活血止痛散”等院内制剂、协定方及外敷中药，以促进骨折愈合，都取得了显著的临床疗效。
3、肿瘤科
是山东省重点中医专科、济宁市重点中医专科，是鲁西南最早开展肿瘤放射治疗的医院之一，科室坚持“规范化诊疗、人性化服务、中西医并重”原则，以高精尖设备为依托，开展全身各部位恶性肿瘤的多学科会诊讨论和综合治疗。
4、儿科
是山东省中医药临床重点专科、山东省立医院儿科联盟单位，科室坚持中医特色，强调整体观念、辨证论治，是以中西医结合治疗肺系、脾系、心肝病证、肾系及紫癜等疾病为重点的综合科室，临床效果显著，处于曲阜领先地位。
5、肝胆脾胃病科
是济宁市中医药重点专科、济宁市肝病联盟理事单位，科室坚持中西并重、中西汇通，坚持发挥中医药诊疗特色，擅长治疗食管炎、急慢性胃肠炎、功能性胃肠病等消化系统常见病、多发病，疗效显著。
