南京口腔黏膜科医院排名比较靠前的是江苏省口腔医院、南京市口腔医院、南京医科大学第一附属医院。
江苏省口腔医院口腔黏膜病科是省级重点专科，诊疗技术达国内一流。南京市口腔医院口腔黏膜科是华东地区特色专科，疑难黏膜病诊疗体系完善。南京医科大学第一附属医院口腔科综合实力强劲，在省内综合医院口腔科中位居前列。
1.江苏省口腔医院 口腔粘膜病科
江苏省口腔医院口腔黏膜病科是江苏省临床重点专科，国内较早成立的口腔黏膜病专科，技术水平省内领先、国内一流。配备激光治疗仪、自体荧光观察仪等先进设备，开展口腔黏膜各类疾病诊疗及无创筛查、激光光动力治疗等特色技术。承担多项国家及省级科研项目，获多项科技及教学成果奖，是中华口腔医学会首批住院医师规范化培训基地及师资培训基地，多人担任国家级、省级专委会重要职务。
2.南京市口腔医院 口腔黏膜科
南京市口腔医院口腔黏膜科是江苏省临床重点专科，华东地区规模较大的特色专科之一。学科带头人王文梅教授担任中华口腔医学会多项重要职务，为国际牙医师学院院士。科室形成规范系统的疑难黏膜病诊疗体系，中西医结合治疗复发性口腔溃疡、扁平苔藓等顽疾效果突出，在口腔癌前病变防治、全身疾病口腔表征诊治方面独具优势。承担多项各级科研课题，获多项科技奖励，出版专著7部，学术影响力位居国内前列。
3.南京医科大学第一附属医院 口腔科
南京医科大学第一附属医院口腔科是江苏省综合医院中规模与技术领先的口腔专科，为南京医科大学口腔医学硕士点、江苏省口腔临床医学继续教育基地。科室专业设置齐全，口腔种植、颌面外科、正畸、修复为特色品牌，拥有数字化影像、口腔显微镜等先进设备，承担多项省部级科研项目，发表多篇SCI论文。多人担任国家级、省级口腔医学会重要职务，临床、教学与科研综合实力突出。
4.南京鼓楼医院 口腔科
南京鼓楼医院口腔科配备锥形束CT、种植导航系统、超声骨刀等高端设备，诊疗环境与设备一流。学科带头人秦海燕博士为博士后导师，种植修复病例获全国大奖。科室常规开展口腔黏膜病诊疗，同时在口腔种植、正畸、微创拔牙、美学修复等领域技术成熟，导航种植、即刻种植、无牙颌种植等复杂技术特色鲜明，诊疗精准规范。
5.东南大学附属中大医院 口腔科
东南大学附属中大医院口腔科是省内三级甲等医院中颇具影响力的口腔专科，医技队伍结构合理、技术力量雄厚。科室设置齐全，可熟练开展各类常见口腔疾病诊疗，在口腔黏膜病、牙体缺损修复、牙周病修复、口腔颌面部肿瘤手术、先天畸形整复及颌面外伤诊治等方面具有显著技术特色。同时积极开展科研教学工作，完成多项省市级课题，发表学术论文数十篇。
