惠州市第一人民医院擅长的科室有心血管内科、神经内科、心胸外科、口腔科等。
1、心血管内科
惠州市第一人民医院心血管内科，是集心血管疾病诊疗、教学及科研为一体的专业科室，为惠州市医学重点专科，擅长治疗冠心病（心绞痛、心肌梗塞）、风心病、心肌炎、心肌病、高血压心脏病、心力衰竭、各种心律失常等。除了常规的药物治疗外，还开展冠心病的各种介入检查及治疗（冠脉造影、支架置入等），各种类型心脏起搏器安置手术等。
2、神经内科
惠州市第一人民医院神经内科，为卫生部脑卒中筛查与防治基地医院科室、惠州市临床重点专科、惠州市第一人民医院第一批重点发展科室。擅长脑血管病、癫痫、中枢系统感染、多发性硬化、帕金森病、急性脊髓炎、吉兰-巴雷综合征、面神经炎、头痛、眩晕、重症肌无力、一氧化碳中毒等的诊治。率先开展神经遗传性疾病基因检测，已经明确诊断的临床少见或罕见病包括克拉伯病、先天性肌强直、线粒体脑肌病、多巴胺反应性肌张力障碍等。
3、心胸外科
惠州市第一人民医院心胸外科，是惠州市率先成立的独立胸外科专业科室，擅长肺癌、肺转移瘤、各种肺良性肿瘤、肺真菌病、肺隔离症、支气管扩张症、自发性气胸、脓胸、各种胸膜肿瘤、食管癌、贲门癌、各类食管良性肿瘤、食管憩室、贲门失弛缓症、食管裂孔疝、反流性食管炎、食管狭窄以及其他纵膈疾病、胸壁疾病、胸部损伤等疾病的诊治。其中在胸部创伤领域，率先在惠州地区成功开展首例胸腔镜肋骨骨折内固定术。
4、口腔科
惠州市第一人民医院口腔科，具有丰富的临床经验和操作技能水平，治疗范围包括龋病、非龋性疾病、牙外伤、牙髓病和根尖周病；口腔黏膜病的诊治、牙周病的诊治；常见错牙合畸形的矫治；颞颌关节病的修复治疗；各种病灶牙、复杂牙和阻生牙等的拔出术及微创拔牙术；先天性发育畸形：先天性唇、腭裂修复术，面裂修复术，牙槽裂植骨术等。