新生儿科门诊排名靠前的医院有复旦大学附属儿科医院、首都医科大学附属北京儿童医院、重庆医科大学附属儿童医院等。复旦大学附属儿科医院新生儿科是我国最大的新生儿医疗中心之一，是国家临床重点专科；首都医科大学附属北京儿童医院新生儿中心率先在国内开展了新生儿溶血病的交换输血术；重庆医科大学附属儿童医院新生儿诊治中心是整体规模全国领先的新生儿诊疗中心。
第一名：复旦大学附属儿科医院-新生儿科
复旦大学附属儿科医院新生儿科，是国家临床重点专科、全国新生儿专科医师培训基地、上海市医学重点学科、上海市危重新生儿会诊抢救中心。是国家卫健委新生儿疾病重点实验室，国家儿童医学中心新生儿临床中心，中国新生儿协作网、上海市新生儿科临床质量控制中心依托单位。该科室是我国最大的新生儿医疗中心、人才培训中心、学术交流中心、科研基地之一，住院新生儿病死率明显下降，极低出生体重儿存活率达到世界先进水平。
第二名：首都医科大学附属北京儿童医院-新生儿中心
首都医科大学附属北京儿童医院新生儿中心已有40多年的历史，率先在国内开展了新生儿溶血病的交换输血术，换血成功率100%。每年救治新生儿患者约2000多例，抢救成功率达99%，居国内领先水平。中心承担着首都医科大学儿科系授课、见习、实习，首都医科大学留学生见习、实习，北京市儿科住院医师规范化培训，进修医师培训等教学任务。参与编辑多部专业书籍，包括《实用儿科学》、《北京儿童医院临床疑难病例荟萃》、《尼尔森儿科学精要》等。
第三名：重庆医科大学附属儿童医院-新生儿诊治中心
重庆医科大学附属儿童医院新生儿诊治中心成立于1980年，现为国家级临床重点专科、首批全国新生儿围产医学专科医师培训基地、首批国家围产新生儿保健特色专科建设单位、国家临床重点专科围产医学专科联盟主任委员单位、全国新生儿专科医联体副理事长单位、重庆市市级危重新生儿救治中心等。也是整体规模全国领先的新生儿诊疗中心。
第四名：浙江大学医学院附属儿童医院-新生儿内科
浙江大学医学院附属儿童医院新生儿内科正式成立于1996年，科室技术力量雄厚，病区分普通病室、呼吸道及消化道隔离室、特殊疾病单间隔离等，并含有层流中央空调系统。各亚专科设置齐全，涵盖新生儿呼吸、新生儿脑损伤、新生儿心血管、新生儿感染、新生儿黄疸、新生儿营养以及新生儿外科等，已成为融专科门诊、病房、实验室成一体的新生儿救治和研究中心，规模属国内前列。
第五名：北京大学第一医院-新生儿科
北京大学第一医院新生儿科在国内最早将近红外光谱技术引入新生儿领域，创建了体现新生儿脑功能的声刺激检查模式。并在国内率先将三维超声技术用于新生儿颅脑检查，降低新生儿危重症病死率、致残率，提高小儿生命质量。
第六名：上海交通大学医学院附属新华医院-新生儿科
上海交通大学医学院附属新华医院新生儿科，目前为教育部“211工程”重点学科，博士培养单位，上海市危重新生儿会诊抢救中心。多年来是中华医学会儿科学会新生儿学组和中华医学会全国围产学会等学术组织的成员单位。科室是国内率先开设新生儿重症监护室和使用呼吸机技术的单位之一，具有应用国内外最先进诊治技术的经验和能力。
第七名：广州市妇女儿童医疗中心-新生儿科
广州市妇女儿童医疗中心新生儿科，是广东省临床重点专科、广东省重症新生儿救治中心、广东省重症新生儿远程会诊中心，国家新生儿专科医师培训基地。国际知名新生儿专家、美国费城儿童医院新生儿科张华岩教授任新生儿医学中心主任，与美国费城儿童医院达成了长期培训的协议，多次举办国际学术研讨会，使新生儿专科水平逐步与国际接轨。专科规模、设施设备、诊疗技术处于国内一流水平。
第八名：上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心-新生儿科
上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心新生儿科，始建于2000年，已成为上海主要的新生儿疾病诊治中心之一。2008年起成为“上海危重新生儿抢救中心”之一，担负区域内、上海并辐射周边省市的危重新生儿的转运和救治工作。近年先后承担多项国家自然科学基金课题以及各类省部级研究课题，作为首批国家级围产新生儿专科培训基地，多年以来培训来自全国各地的专科进修医护人员百余名。
第九名：四川大学华西第二医院-新生儿科
四川大学华西第二医院新生儿科是国内最早成立新生儿专科的医疗单位之一，是四川省唯一的国家临床重点专科（新生儿科）。经过近半世纪的发展，学科整体水平居全国领先，是全国仅有的同时拥有“国家杰出青年基金”、“教育部创新团队”的新生儿学科单位。覆盖西部地区的新生儿转运体系已运行十余年，转运危重新生儿数千例，是目前西部地区设备最先进、医疗护理技术力量最雄厚的危急重症新生儿救治中心和转诊中心。
第十名：中国医科大学附属盛京医院-新生儿科
中国医科大学附属盛京医院新生儿科已成为东北地区乃至全国的新生儿诊治急救中心，在国内率先研究新生儿硬肿症发病原因和治疗，使本病的死亡率从80年代初的30%~50%降至4%以下。为新生儿缺氧缺血性脑病临床诊断分度标准制定单位，在国内率先开展缺氧缺血性脑病的磁共振检测工作，率先在东北地区开展了重危新生儿转运，转运范围从市内扩大到省内。