成都市第二人民医院擅长的科室有心血管内科、呼吸内科、皮肤科、烧伤整形外科、康复理疗科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、心血管内科
成都市第二人民医院心血管内科为四川省甲级重点专科，成都市特色专科--"心脏介入中心"，是中国医学科学院阜外医院心血管技术成都培训基地、四川省适宜技术推广基地，是全国青年文明号、四川省护理优质服务示范病区，是国家级住院医师规范化培训基地、四川省心血管专科医师培训基地、遵义医学院硕士研究生联合培养基地。科室2015年通过"中国胸痛中心"认证，2018年通过"中国心衰中心"认证，同时成为"中国房颤中心"建设项目。
2、呼吸内科
成都市第二人民医院呼吸内科是四川省乙级重点学科、国家级内科医师规范化培训基地、四川省呼吸内科专科医师规范化培训基地、省级哮喘专病门诊项目示范点、遵义医学院硕士研究生培养点、国家呼吸内科(PCCM)达标单位。科室拥有经验丰富的医疗团队，技术力量雄厚，在呼吸重症及呼吸介入技术上具有特色。
3、皮肤科
成都市第二人民医院皮肤科的医疗、科研、教学总体实力居西南地区皮肤科前列。目前是成都市皮肤病性病防治研究所、国家临床重点专科建设项目，四川省乙级医学重点学科、成都市高水平临床重点专科、成都市中医重点专科、成都市医学重点学科、成都市特色专科、中华医学会皮肤性病分会银屑病示范门诊。中国"一带一路"皮肤病学专科联盟成员单位、全球银屑病监测项目成员单位、中国血管瘤血管畸形理事单位。
4、烧伤整形外科
成都市第二人民医院烧伤整形外科始建于1958年，为省内较早的烧伤整形专科。现为四川省甲级重点专科、成都市医学重点学科、成都市烧伤救治基地、成都市烧伤研究所、成都市烧伤科医疗质量控制中心、中以国际创伤、整形治疗培训中心、国家住院医师规范化培训基地、四川省专科医师规范化培训基地。学科设烧伤急救治疗、烧伤康复、功能畸形整复和医学美容外科等四个专业治疗组及烧伤、整形两个护理组。
5、康复理疗科
成都市第二人民医院康复理疗科于2007年成立，是成都市首家工伤职工康复中心，经过多年发展，已成为成都市规模最大、设备先进，康复技术全面，集医、教、研于一体的四川省内一流的专业康复中心。2013年成为“成都市康复医疗质量控制中心”；2018年与香港理工大学及国内五所加入世界作业联盟（WFOT)高校联合成为国内首批“医院社区康复临床教育培训基地”；2018年成为“四川省医学重点学科甲级重点专科”。