治疗胆囊结石的专科医院有北京协和医院、复旦大学附属中山医院、中国人民解放军总医院等。北京协和医院基本外科在国内最早细化建立专业组，现已成为普外领域全国疑难重症疾病的诊治中心。复旦大学附属中山医院普外科目前是国家“211工程”建设重点学科、教育部国家重点学科和卫计委国家临床重点专科。中国人民解放军总医院普通外科医学部下设5个亚专科，在常见外科疾病，包括胆囊结石等治疗方面经验丰富。
第一名：北京协和医院-基本外科
北京协和医院基本外科在我国医学史上有着辉煌的业绩，涌现出很多全国甚至国际闻名的医学专家，是与医院院龄相同的核心科室之一。科室在国内最早细化建立专业组，现已成为普外领域全国疑难重症疾病的诊治中心，拥有结构合理、素质优秀的人材梯队，多名专家在中华医学会和国内外杂志担任各种领导职务。除了常见的甲状腺、乳腺问题，还擅长胰腺癌、胆囊结石、肝癌等疾病。
第二名：复旦大学附属中山医院-普外科
复旦大学附属中山医院普外科目前是国家“211工程”建设重点学科、教育部国家重点学科和卫计委国家临床重点专科。在临床营养、胃肠外科、胆道外科、胰腺外科以及胃肠动力等领域形成研究特色，包括胃癌、胆道损伤、胰腺肿瘤、胆囊结石等。目前，中山医院普外科以亚专业学科建设为主要方向，以多学科协作诊治（MDT）、内镜与微创外科为重要平台。
第三名：中国人民解放军总医院-普通外科医学部
中国人民解放军总医院普通外科医学部，下设腹部创伤外科、胃外科、结直肠外科、甲状腺（疝）外科、乳腺外科5个亚专科。在常见外科疾病，包括胆囊结石、甲状腺结节、疝气等治疗方面经验丰富，在国际上率先提出胃癌肝转移临床分型，达到国际一流水平。近年来，获国家科技进步二等奖1项，军队、省部级一等奖4项，省部级二等奖8项。
第四名：上海交通大学医学院附属瑞金医院-普外科
上海交通大学医学院附属瑞金医院普外科是上海市重点学科，学科设有胃肠道癌肿、胆胰疾病、肝门脉疾病、器官移植、微创外科、血管外科、外科重症监护、乳腺和内分泌外科等专业组，形成了以胃肠道癌肿、重症胰腺炎、器官移植、微创外科为特色的，在胆囊结石、肝损伤方面具有综合优势的重点学科。
第五名：华中科技大学同济医学院附属同济医院-普通外科
华中科技大学同济医学院附属同济医院普通外科是国家教委的全国重点学科，在国内乃至国际外科界均享有较高的声誉。可采用电子胃镜、纤维结肠镜等早期诊断胃肠疾病并及时予以手术，胆囊疾病（胆囊息肉、胆囊结石等）、内分泌疾病的外科治疗是普通外科的又一特色，其独特的技术和娴熟的操作为国内同行所称道。
第六名：中山大学附属第一医院-微创外科
中山大学附属第一医院的微创外科，于1996年正式成立腔镜外科，隶属于普通外科，2001年更名为微创外科，为学校重点学科的一个专科。微创外科是以开展外科治疗内镜技术为主的专科，尚有三位在亚洲极具知名度的微创外科客座教授，具有雄厚的技术力量，开展的手术内容包括腹腔镜、胸腔镜等硬镜和十二指肠镜、胆道镜等软镜手术，擅长胆囊结石的手术治疗。
第七名：华中科技大学同济医学院附属协和医院-普通外科
华中科技大学同济医学院附属协和医院普通外科由胃肠微创外科、胰腺外科、乳腺甲状腺外科、肝胆外科、小儿外科、血管外科六个亚专科组成。其中胰腺外科中心是目前国内规模最大的胰腺及其相关疾病的专业治疗中心，是教育部重点学科和国家“211”工程的重点科室，其重症急性胰腺炎治疗成功率达到国内领先水平，整体治疗水平居国内领先，在医疗界享有很高的声誉；肝胆外科中心学术研究水平和临床医疗水平处于国内领先地位，其中胆囊结石手术，肝癌手术，肝脏腹腔镜手术达到国内先进水平。
第八名：复旦大学附属华山医院-普外科
复旦大学附属华山医院普外科是国家级重点建设学科（外科学）、国务院首批博士生培养点、国家临床重点专科（普外），是中国抗癌协会肿瘤转移专业委员会依托单位。学科以肝胆、胃肠和乳腺肿瘤等传统优势领域为重点发展方向，代谢与血管外科并重。下设肝胆外科、胃肠外科、甲乳外科、微创代谢疝外科和血管外科等五个专科。专科业务特色包括肝胆肿瘤的切除与微创外科（腹腔镜下手术与局部消融）；肝脏移植（治疗终末期肝病、重症肝炎和肝肿瘤）；胆囊结石微创治疗等，居国内领先。
第九名：浙江大学医学院附属第二医院-普外科
浙江大学医学院附属第二医院普外科是浙江省重点学科，在全国具有较高的知名度。学科在肝胆胰重大疑难疾病手术、胃癌规范根治术和胆囊结石微创外科上具有明显临床优势，年肝胆胰胃重大疑难疾病年手术400余例，切除及生存率达国际先进水平。科室目前分为肝脏、胆胰、胃肠、甲状腺、乳腺、血管外科、腹壁疝外科、外科重症等亚专业组，学科肝、胆胰、胃肠及甲乳专业已在各自领域内形成了鲜明专业特色、临床及临床转化研究优势。