桂林市中医医院擅长的科室有乳腺科、创伤科、内分泌科、骨科、妇科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、乳腺科
桂林市中医医院乳腺科为卫健委国家临床重点专科，国家中医药管理局“十一五”重点专科，为国家级乳腺治疗和研究机构，是国家中西医结合乳腺疾病诊疗中心，是通过欧洲EUSOMA标准国际认证（ISO\IEC17065）的乳腺医疗中心。科室设有门诊、三个病区（乳腺外科，乳腺内科、中医经典病房）、乳腺诊断部、乳腺临床筛查部、乳腺中医特色治疗部等。治疗上突出中医特色，采用中西医结合治疗各种乳腺疾病。
2、创伤科
桂林市中医医院创伤科创建于2007年2月，是国家中医药管理局“十二五”重点专科建设单位，将院前急救、院内急诊外科救治、创伤外科病房、创伤外科监护室融为一体，使创伤患者在“黄金一小时”内得到救治。科室开展的业务主要为创伤骨科、手足显微外科、小儿骨科以及神经外科，每年开展各类手术达到600余例，其中高龄患者的关节置换手术达到100余例。
3、内分泌科
桂林市中医医院内分泌科成立于2003年，一直致力于内分泌疾病中西医防治工作，集病房、门诊、科研教学、糖尿病健康教育学校于一体，2012年成为国家中医药管理局“十二五”内分泌重点专科建设单位。治疗上突出中医特色，采用中西医结合治疗糖尿病及其急慢性并发症、甲状腺疾病及其他内分泌病。
4、骨科
桂林市中医医院骨科为国家中医药管理局“十二五”重点专科建设单位。拥有进口关节镜全套设备、髋膝肩肘人工关节置换全套体系、TDP治疗仪、电脑中频透热治疗仪、多功能微波治疗仪、中药煎药机、下肢功能锻炼机等诊疗设备。根据国内外关节外科发展方向，充分应用中医药发展优势，创立中西医结合特色。近年来已开展了髋、膝、肘、肩等关节人工置换术1000余例，每年各种关节置换100多例。
5、妇科
桂林市中医医院妇科建科有40余年历史，是医院的重点专科之一，为全区中医药治疗不孕不育重点专病建设单位以及全区基层中医、民族医重点专科（中医妇科）建设指导单位。经过多年努力，现已发展成一个集临床、教学、科研为一体的大型综合性科室。科室设有病房、门诊、计划生育手术室三个医疗区域，目前开设有不孕症、妇科肿瘤、月经病、妇科炎症等专科专病门诊。
