上海肛肠科医院排名靠前的是上海交通大学医学院附属瑞金医院肛肠外科、复旦大学附属中山医院普外科、复旦大学附属华山医院普外科等，其中上海交通大学医学院附属瑞金医院肛肠外科2022年位列全国专科综合排名第4名，是该院特色专业之一，在全国拥有广泛社会影响；复旦大学附属中山医院普外科2023年位列全国专科声誉排名第2名，专科实力长期稳居全国前列，是国内普外科领域的标杆学科之一；复旦大学附属华山医院普外科2023年获全国专科声誉排名提名，学科建设积淀深厚，亚专科设置覆盖各类肛肠疾病诊疗需求。
1、上海交通大学医学院附属瑞金医院 肛肠外科
该科室在复旦版中国医院专科排行榜中2022年位列全国专科综合排名第4名、2021年位列全国专科综合排名第5名，是该院特色专业之一，在全国有广泛社会影响。科室专家团队实力扎实，拥有国内外知名专家教授，所有执业医师均为硕士研究生以上学历，在疑难肛肠疾病治疗领域深有造诣。科室诊疗范围覆盖小肠、结肠、直肠肿瘤及各类肛肠疾病，不仅配备先进治疗设备与仪器，还自主研发一系列实用手术与照明器械，可在减轻患者痛苦的同时提升手术成功率；目前科室承担多项国家自然基金课题、上海市科委基金研究项目，实现临床与科研协同发展。
2、复旦大学附属中山医院 普外科
该科室在复旦版中国医院专科排行榜中2023年位列全国专科声誉排名第2名、2022年位列全国专科综合排名第3名、2021年位列全国专科综合排名第2名，连续多年稳居全国专科榜前列。科室创建于1946年，由著名外科学家沈克非教授创立，先后获批国家“211工程”建设重点学科、教育部国家重点学科、国家临床重点专科、上海市“重中之重”临床医学重点学科，是上海市普通外科研究所、上海市临床营养研究中心、上海市普通外科质控中心依托单位。科室年门诊量超13万人次、年急诊量1.2万余人次、年完成大中型手术超8000台，团队中有10余位专家在中华医学会等专业协会担任核心学术职务，在胃肠外科等领域形成鲜明诊疗特色，以亚专业建设、多学科协作、微创技术为核心平台，致力于建设亚洲领先的普外科疾病诊治、教培与研究中心。
3、复旦大学附属华山医院 普外科
该科室在复旦版中国医院专科排行榜中2023年获全国专科声誉排名提名，科室创立于1907年，是国家级重点建设学科（外科学）、国务院首批博士生培养点、“211工程”与“985”重点建设学科、卫生部临床重点专科，为复旦大学上海医学院外科学系、中国抗癌协会肿瘤转移专业委员会依托单位。科室年门诊量19万余人次、年住院手术量超1万例。科室下设胃肠外科等5个亚专科，其中胃肠外科作为传统优势专业，可规范开展胃肠肿瘤根治、超低位保肛、复杂肛周疾病治疗、局部复发直肠癌多学科切除等肛肠相关诊疗，多项技术达国内先进或国际领先水平；科室先后承担国家973、重大科技专项、863等国家级重大科研项目，曾获国家自然科学奖等重磅科技奖励，医教研实力均衡。
4、上海交通大学医学院附属仁济医院 普通外科
该科室在复旦版中国医院专科排行榜中2023年获全国专科声誉排名提名。科室临床诊疗队伍由一批临床经验丰富的主治医师及以上职称医务人员组成，建立了覆盖普外科常见病、多发病的规范诊疗流程，对各类疑难普外科疾病具备成熟的处置能力。科室诊疗范围覆盖肛肠范畴的各类肠道疾病，以及甲状腺疾病、乳房疾病、胃部疾病、肝脏疾病、外伤等多种普外科病种，在上述疾病诊疗领域积累了扎实的临床经验，具备显著的诊疗优势，可为就诊患者提供专业、规范的诊疗服务。
5、上海交通大学医学院附属第九人民医院 普外科
该科室成立于1920年，目前南北部共设6个病区、开放床位166张，年均门诊量近10万人次、年开展手术约7500台，聘请肠外瘘治疗创始人、临床营养奠基人、亚洲小肠移植开拓者黎介寿院士为兼职教授定期指导工作。科室下设肛肠外科等9个专业方向，在炎症性肠病、放射性肠炎、肠梗阻、结直肠癌微创手术等肛肠相关领域诊疗水平达国内领先；其中疝与腹壁外科复杂缺损修复技术达国际先进水平，减重代谢外科年肥胖合并睡眠呼吸暂停手术量居国内第一，科室是中国研究型医院学会肠外肠内营养专业委员会主委单位，行业影响力突出。
