南京儿童青少年心理医院排名比较靠前的是南京脑科医院、南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院。
南京脑科医院儿童心理研究中心是国内首家儿童心理卫生专业机构，WHO合作中心，儿童心理诊疗国内顶尖。南京医科大学第一附属医院临床心理科是江苏综合医院最早成立的临床心理科，覆盖儿童青少年全场景心理问题，诊疗规范。南京鼓楼医院医学心理科是学科带头人学术地位高，儿童青少年情绪与行为问题诊疗体系成熟。
1.南京脑科医院 儿童心理研究中心
南京脑科医院儿童心理研究中心是我国第一所儿童心理卫生专业机构，为WHO儿童心理卫生科研与培训合作中心，也是亚太地区唯一该类合作中心。担任中华医学会、中国医师协会等多个国家级儿童精神医学专业重要职务，是江苏省儿童心理行为障碍诊疗中心及临床重点专科。
科室擅长儿童青少年发育评估、孤独症超早期干预、多动症、厌学、情绪障碍、抽动强迫等综合诊疗，拥有国内最早的儿童精神科病房与孤独症干预中心，多项技术国内领先，集门诊、康复、住院于一体。
2.南京医科大学第一附属医院 临床心理科
南京医科大学第一附属医院临床心理科是江苏省综合性医院中最早建立的临床心理科室，擅长儿童青少年学习困难、考试焦虑、情绪障碍、人际交往障碍、适应障碍、品行问题、厌学、网络成瘾等问题，采用心理评估、疏导与药物联合的综合诊疗模式。
承担南京医科大学医学心理学等教学任务，主编《医学心理学》《康复心理学》等专业教材，主持多项科研项目，临床、教学、科研一体化发展。
3.南京鼓楼医院 医学心理科
南京鼓楼医院医学心理科可系统诊疗儿童青少年常见的焦虑、抑郁、强迫、睡眠障碍、躯体形式障碍、进食障碍等问题，以生物—心理—社会模式、药物联合心理治疗为特色。科室为多所医学院校教学实习基地，为儿童青少年提供专业、规范、优质的心理卫生服务。
4.东南大学附属中大医院 心理咨询科
东南大学附属中大医院心理咨询科是江苏省首家综合医院精神卫生专科，南京地区首个设立睡眠监测室的心理专科，较早开展经颅磁刺激治疗。
科室开设心身医学诊疗中心，涵盖睡眠、进食、疼痛等障碍。科研成果突出，获中华医学科技奖一等奖、教育部自然科学奖一等奖、江苏省科技进步奖一等奖等十余项奖项，可为儿童青少年情绪、睡眠及心身问题提供精准诊疗。
5.东部战区总医院 心理咨询科
东部战区总医院心理咨询科由经验丰富的高年资医师组成，擅长儿童青少年心理问题、婚姻家庭问题、适应障碍、抑郁症、焦虑症、强迫症、失眠及躯体形式障碍等常见病与疑难病诊治。
科室依托综合医院优势，提供规范、专业的心理评估、咨询与干预服务，诊疗效果显著，为儿童青少年及家庭提供安全、可靠的心理医疗支持。
