重庆泌尿科比较好的医院是陆军军医大学第一附属医院、重庆医科大学附属第一医院、陆军军医大学新桥医院，陆军军医大学第一附属医院的泌尿外科是重庆市首批重点学科、重庆市泌尿外科研究所、全军泌尿外科中心等，也是中华外科学泌尿外科协作组国内四个协作单位之一。重庆医科大学附属第一医院泌尿外科是重庆市最大的泌尿专科之一，陆军军医大学新桥医院的泌尿外1科是国家级重点学科。
第一名：陆军军医大学第一附属医院-泌尿外科
西南医院泌尿外科是建国初期即成立的具有较大医、教、研规模的泌尿外科之一，也是60年创刊的《泌尿外科内部通讯》（《中华泌尿外科杂志》前身）和63年成立的中华外科学泌尿外科协作组（中华泌尿外科学会的前身）国内四个协作单位之一（北京、上海、天津、重庆）。是重庆市首批重点学科、重庆市泌尿外科研究所、全军泌尿外科中心、全军泌尿外科研究所等。目前辖有泌尿外科三个病区，共计病床120张。近5年平均年门诊量45161人次，平均年住院人数2398人次。
第二名：重庆医科大学附属第一医院-泌尿外科
重庆医科大学附属第一医院泌尿外科已成为集医疗、教学、科研、预防保健为一体的泌尿男科医学体系，是重庆市最大的泌尿专科之一。现为泌尿外科学博士学位授予点、重庆市高等学校市级重点学科、重庆市男科学重点学科、重庆市肾移植中心、西南微创技术培训中心。设置6个亚专业组：泌尿系结石、泌尿生殖系肿瘤、前列腺疾病、男科学、肾移植、尿控及女性泌尿。综合实力跃居国内先进行列，部分技术接近国际先进水平。
第三名：陆军军医大学新桥医院-泌尿外1科
陆军军医大学新桥医院泌尿外1科是国家级重点学科，肾脏病中心(泌尿外1科部)，重庆市肾脏病研究所，博士、硕士学位授权点学科。创新治疗国际领先：气膀胱腹腔镜保留尿道粘膜前列腺剜除术；气膀胱腹腔镜膀胱部分切除＋输尿管膀胱抗返流再植术；腹会阴联合入路直针吻合尿道与前列腺尖修复后尿道狭窄等。
第四名：重庆大坪医院-泌尿外科
重庆大坪医院泌尿外科作为全军泌尿肿瘤诊治中心，拥有以腹腔镜手术机器人为代表的多种先进技术设备，以泌尿男生殖系统肿瘤为标志的肿瘤腹腔镜微创治疗特色不断完善级创新。科室多学科联合诊疗模式（MDT综合治疗）特色显著，多学科联合挑战高难度、复杂手术，在地区级乃至国内产生较高影响。少见肿瘤、家族遗传性肿瘤的家系追踪和基因诊断已形成特色。输尿管软镜技术的应用、经皮肾镜取石术的无管化技术等在国内居领先水平。
第五名：重庆医科大学附属第二医院-泌尿外科
重庆医科大学附属第二医院泌尿外科是西南地区最早成立的泌尿外科之一，是集医、教研、为一体的大型临床科室。科室为国家药物临床试验基地，泌尿外科博士学位授予点、国家前列腺癌诊疗一体化中心、结石微创治疗中心。诊疗技术先进，已经形成肿瘤组、结石组、男科组、前列腺组、女性泌尿等亚专业和方向，开设有泌尿外科、男科专科门诊。
第六名：重庆市人民医院-泌尿外科
重庆市人民医院泌尿外科是重庆市最早成立泌尿外科专业的医院之一，技术力量雄厚、设备先进，是集医疗、预防、保健、科研、教学为一体的核心科室，在重庆市享有良好声誉。拥有一大批先进的医疗设备如：多普勒血流探测仪、前列腺微波治疗仪、进口前列腺气化电切镜等。在传统泌尿外科领域，包括泌尿系统损伤，隐匿型阴茎，复杂性小儿尿道下裂及隐睾，泌尿系统结石等，增加了创新改良的思路，达到国内先进水平。