广东医科大学附属医院擅长的科室有骨科中心、儿童医学中心、呼吸与危重症医学科、肾脏内科、耳鼻咽喉科等。
1、骨科中心
广东医科大学附属医院骨科中心创建于1973年，是该校临床医学传统优势学科。现为博士、硕士学位授权点，广东省临床重点专科、广东医科大学重点扶持学科。学科综合实力在粤西地区同类学科位列第一，骨科“微创”技术、疑难疾病及重症救治成为区域内独树一帜的特色品牌。获批广东省临床重点专科、广东医学院重点扶持学科。
2、儿童医学中心
广东医科大学附属医院儿童医学中心于1964年筹建病房，是广东省粤西地区最大的儿童保健和疾病诊疗中心、儿科医师培训基地，广东医科大学儿科学专业人才教学实践基地。1986年获硕士学位授予权，是广东医科大学首批硕士学位授权点之一。2012年新生儿专科获省级重点专科，血液病专科获广东省农村儿童白血病定点医疗单位。脑康复、癫痫专科门诊是粤西地区规模最大、康复技术最全面的儿童脑和神经康复中心。
3、呼吸与危重症医学科
广东医科大学附属医院呼吸与危重症医学科前身为湛江医学院内科呼吸内科小组，建立了粤西首间RICU，同时开展呼吸疾病的诊治及科学研究。1985年成为广东医学院首批硕士研究生培养点。2000年呼吸疾病研究室年升格为呼吸疾病研究所。目前学科已成为广东省临床重点专科，广东医学院十二五重点扶持学科，广东医学院附属医院十二五重点学科，湛江市呼吸疾病诊治中心，国家药物临床试验基地，2017年授牌为国家呼吸系统疾病临床医学研究中心分中心。
4、肾脏内科
广东医科大学附属医院肾脏内科已成为粤西地区及粤、琼、桂三省交汇地区规模最大、技术力量最强的肾脏疾病诊疗中心、科学研究中心及高层次专科人才培养中心。肾脏内科作为广东医学院的优势学科，被评为广东省重点学科，广东省医学特色专科，广东省临床医学重点专科，目前也是广东医学院附属医院重点学科。学科规模和诊疗技术达到国内先进、粤西领先水平，特别在各种肾小球肾炎、系统性红斑狼疮以及疑难、危重肾脏疾病的诊治方面具有独特的优势。
5、耳鼻咽喉科
广东医科大学附属医院耳鼻咽喉科创建于1970年，为粤西地区最负盛名的耳鼻咽喉科，是广东省首批硕士学位授予点之一，为湛江市唯一的耳鼻咽喉头颈外科住院医师规范化培训基地，实力在粤、桂、琼地区处于先进地位。下设耳科、鼻科、咽喉头颈外科3个亚临床学科，拥有国内一流的检查及手术设备。
