重庆儿科最好的医院排名重庆医科大学附属儿童医院、陆军军医大学第一附属医院、陆军军医大学新桥医院等。其中，重庆医科大学附属儿童医院2020年度儿内科居全国儿童医院第3位，儿外科与复旦儿外科并列第2位，连续12年进入中国医院百强榜。陆军军医大学第一附属医院儿科可收治各种儿科疾病，尤其是在危重症新生儿及危重儿童救治方面达到国内领先水平。陆军军医大学新桥医院儿科对新生儿疾病，儿童重危疾病，发育期脑损伤等的救治水平居全国领先水平。
第一名：重庆医科大学附属儿童医院
重庆医科大学附属儿童医院是集医教研为一体的国家三级甲等综合性儿童医院，国家儿童区域医疗中心（西南）、国家一流本科建设单位、国家临床医学研究中心。拥有5个重庆市重点实验室和3个工程中心,全国文明单位。在全国最佳医院排行榜中连续11年蝉联专科综合排行前三甲，2020年度儿内科居全国儿童医院第3位，儿外科与复旦儿外科并列第2位，连续12年进入中国医院百强榜。2020年中国医院科技量值(SETM)排名中，我院综合居全国儿童医院第3位、儿科学居第3位。
第二名：陆军军医大学第一附属医院-儿科
陆军军医大学第一附属医院儿科逐渐发展成集医疗、教学、科研并进的儿科特色科室。现为博士学位授予权学科、全军计划生育优生优育技术中心、重庆市卫健委新生儿危重症转运中心、儿童哮喘标准化门诊。科室可收治各种儿科疾病，近年来尤其是在危重症新生儿及危重儿童救治方面达到国内领先水平。危重新生儿救治技术先后获得陆军军医大学第一附属医院十大新技术，新生儿护理先后获得陆军军医大学护理新技术5项。
第三名：陆军军医大学新桥医院-儿科
陆军军医大学新桥医院儿科1984年被国务院批准为儿科硕士学位授权点学科；2005年被重庆市劳动局批准为“育婴师培训基地”；2007年被重庆市卫生局批准为“重庆市儿童脑病研究中心”。对新生儿疾病，儿童重危疾病，发育期脑损伤及儿童神经系统疾病的救治水平居全国领先水平。
第四名：重庆大坪医院-儿科
重庆大坪医院儿科是全国新生儿专科医师规范化培训基地、儿科住院医师规范化培训基地、全军优生优育技术指导中心、全军新生儿危重病研究创新基地、重庆市危重新生儿救治中心。为博士学位授予学科。注重国际交流与人才培养，与美国南加州大学凯克医学院、美国辛辛那提儿童医院、德国萨尔大学儿童医学、德国马格德堡大学儿童医院等建立合作，多名医护人员被选送去进修学习。
第五名：重庆市妇幼保健院-儿科
重庆市妇幼保健院儿科创建于1985年，为国家级新生儿保健特色专科，国家级新生儿专科医师规范化培训协同基地，重庆市危重新生儿救治中心。分为儿一科(新生儿救治中心)、儿二科(儿内科)、儿三科(儿外科)。
第六名：中国人民解放军陆军第九五八医院-儿科
中国人民解放军陆军第九五八医院儿科开设有儿科门诊、住院部、儿童保健咨询，拥有新型新生儿蓝光暖疗箱、小儿监护仪最新压缩雾化机、智力输返泵等先进医疗设备。收治病种为：新生儿黄疸、新生儿缺血缺氧性脑病，新生儿脑炎、新生儿肺炎、新生儿败血症、小儿上呼吸感染、支气管炎、肺炎、哮喘、小儿腹泻、便秘、消化不良以及危重症急救和疑难杂症的诊治等。
第七名：重庆市第九人民医院-儿科
重庆市第九人民医院儿科，是重庆市北部区域规模较大的集医疗、教学、科研为一体的综合性科室。近年来，先后承担了国家级、重庆市级科研项目多项，在全国专业核心期刊发表论文数十篇。是重庆市儿童临床重点专科、重庆市区域性重点学科、重庆市住院医师规范化培训基地、重庆医科大学与第三军医大学（现陆军军医大学）临床教学基地。先后荣获全国卫生先进集体等三十多项殊荣。
第八名：重庆市南川区人民医院-儿科
重庆市南川区人民医院儿科系重庆市特色专科、重庆医科大学附属儿童医院新生儿诊治中心对口指导科室。科室配备了中心供氧、德国Drager吊塔、无创呼吸机CPAP等先进仪器。采用国家新生儿病房先进设施设备配置的新生儿科重症监护室（NICU），对急危重症新生儿的救治，已达到重庆儿童医院的治疗水平。