绍兴市人民医院擅长的科室有神经内科、呼吸内科、骨科、神经外科、肿瘤内科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、神经内科
绍兴市人民医院神经内科是浙江省重点扶植建设学科，绍兴市临床医学重点学科，包括神经内科、神经外科二个病区。学科集颅脑神经性疾病、脑血管疾病、创伤、肿瘤及脑血管病早期康复治疗、预防、抢救和科研为一体，充分发挥学科交叉，资源共享优势，近年来救治了数百例绍兴市及周边地区的疑难危重病例，在本地区及省内拥有较高的知名度。
2、呼吸内科
绍兴市人民医院呼吸内科为绍兴市临床医学重点学科。该学科技术力量雄厚，专业人才队伍结构合理，学科在诊治肺部、气管、支气管常见疾病的基础上，着重解决绍兴市肺部疑难疾病的诊断治疗及危重病人的抢救，其诊疗水平处于市内领先地位。
3、骨科
绍兴市人民医院骨科是绍兴市临床医学重点学科，目前主要包括关节脊柱外科、手外科二个病区。该学科技术力量雄厚，专业技术队伍结构合理。绍兴市人民医院骨科集预防、治疗、康复及保健于一体，致力于治疗骨科疑难杂症和规范疾病的诊治方案；重视手术治疗、药物治疗、物理治疗、康复锻炼等治疗方法的规范化组合；针对不同疾病、不同病程、不同年龄、不同要求，选择最合适的治疗方案，其诊疗水平在全市同行业中处于领先地位。
4、神经外科
绍兴市人民医院神经外科擅长颅脑创伤的救治，特别是重型颅脑损伤的治疗，有完善的急救体系和康复体系，多项科研成果达到国内领先及先进水平，为重点学科主攻方向之一。各种类型颅内肿瘤、脊髓疾病的手术治疗，如脑膜瘤、胶质瘤、枕大孔区肿瘤等，尤其是“颅底及中线部位肿瘤”和“脑干及围脑干肿瘤”具有较高声望，显微手术及微创手术技术先进。
5、肿瘤内科
绍兴市人民医院肿瘤内科为绍兴市医学重点学科，是一个以集肿瘤化疗、肿瘤放疗、肿瘤介入、精准靶向治疗、生物免疫治疗及肿瘤姑息康复治疗于一体的肿瘤综合性治疗临床学科。学科的恶性肿瘤化疗及放射治疗是绍兴地区领军单位，开展调强放疗数位居绍兴地区第一，率先在绍兴地区开展头颈部恶性肿瘤的同步推量调强放射治疗、直肠癌术前同步放化疗等技术项目。