深圳肠胃科比较好的医院是深圳市人民医院、深圳市第三人民医院、北京大学深圳医院，深圳市人民医院的消化内科5年来，获得3项广东省自然科学基金以及2项广东省卫生厅资助课题，并且该科室开展的软式内镜腹腔探查术为该科首创技术。深圳市第三人民医院消化内科在疑难复杂肝胆胰疾病的内镜下治疗这方面，在省内甚至全国享有一定声誉；北京大学深圳医院消化内科消化内镜诊疗人次及水平达深圳地区前列。
第一名：深圳市人民医院-消化内科
深圳市人民医院消化内科为广东省临床重点专科，广东省十一.五医学特色专科和深圳市医学重点专科，由病房和消化内镜中心组成。软式内镜腹腔探查术为该科首创技术。5年来，获广东省自然科学基金3项，广东省卫生厅资助课题2项，深圳市科信局资助课题12项，其中重点项目4项。发表科研论文62篇，其中SCI收录4篇，最高影响因子5.4，专利2项。
第二名：深圳市第三人民医院-消化内科
深圳市第三人民医院消化内科，是医院重点建设的科室之一，科室以疑难重症消化系统疾病的综合诊治为特色，开展所有内镜下各级手术。尤其疑难复杂肝胆胰疾病的内镜下治疗，在省内甚至全国享有一定声誉。2018年5月实施深圳市首例粪菌移植，成功挽救濒危病人，此后开展粪菌移植治疗抗生素相关性肠炎、炎症性肠病、顽固性腹泻、放射性肠炎、自闭症、慢性便秘等一系列肠道菌群紊乱相关性疾病，取得满意疗效。
第三名：北京大学深圳医院-消化内科
北京大学深圳医院消化内科，是北京大学和汕头大学硕士研究生培养点，设有消化病诊疗室和胃肠动力检测室及内镜室。科室对胃肠、肝胆胰等疾病满有着丰富的临床经验，抢救和诊治了大量的危重患者和疑难杂症，消化内镜诊疗人次及水平达深圳地区前列。
第四名：深圳市第二人民医院-消化内科
深圳市第二人民医院消化内科，以消化疾病疑难重症治疗及消化内镜诊疗为特色，是卫生部消化内镜诊疗技术培训基地单位，广东省医学会消化内镜分会副主任委员单位，广东省医师协会消化内镜学医师工作委员会副主任委员单位，深圳市医学会消化内镜专业委员会的主任委员单位，深圳市中西医结合消化病委员会主任委员单位，广东基层医药消化及内镜分会主委单位。
第五名：中山大学附属第八医院-消化内科
中山大学附属第八医院消化内科设门诊、病房、消化内镜中心三部分。科室拥有一批高素质的护理队伍和技术突出的消化内镜技术人员。在小肠疾病、炎症性肠病的诊断与治疗有丰富的经验。该科具有较强的科研能力，承担市科委科、区级研课题11项。近年来在国家、省级学术刊物上发表论文30余篇。
第六名：中山大学附属第七医院-消化医学中心
中山大学附属第七医院消化医学中心是医院重点建设和发展的学科之一，是医院多学科(MDT)诊疗模式的示范中心，按国家级重点学科和国际消化医学名院的标准进行建设。消化医学中心汇集了一批国内外著名的医疗专家和科学家，2020年消化医学中心下属专科胃肠外科被评为深圳市临床重点专科。
第七名：香港大学深圳医院-消化内科
香港大学深圳医院消化内科，自建院伊始即独立成科。在司徒伟基教授的带领下，现已建成了集医疗、教学、科研于一体的消化系统疾病（内科）中心。现为国家卫生部住院医生规范化培训亚专科中心、国家药品监督管理局认证的GCP中心亚专业组。科室现有国内一流的奥林巴斯290等内镜系统，是深圳市规模较大的内镜中心之一，年均内镜检查总量近2万台次，对内镜下治疗各种息肉、胃肠道早期恶性肿瘤、消化道出血、胆总管结石等有丰富的经验。
第八名：深圳市罗湖区人民医院-消化内科
深圳市罗湖区人民医院消化内科2008年成为首批罗湖区重点学科，科室技术力量雄厚，人才梯队合理，有效地保证了医疗质量。科室拥有奥林巴斯等三大国际品牌放大胃肠镜、超声内镜及小肠镜等先进仪器设备等，为深圳市最早开展无痛内镜及超声内镜、双气囊小肠镜、开展内镜诊疗技术最多单位之一。消化道肿瘤诊断及治疗、消化内镜微创治疗、消化道介入治疗为我院消化内科的重点发展方向及优势技术。
第九名：深圳市宝安区人民医院-消化内科
深圳市宝安区人民医院消化内科，拥有深圳市一流的消化系统疾病诊疗设备，专业技术人员实力雄厚，开展内镜下诊疗项目20余项，其中小儿内镜、无痛苦胃肠镜诊治技术、染色内镜、急诊内镜、消化道异物取出、消化道大出血、消化道狭窄支架置入、食道静脉曲张套扎术、消化道良性肿瘤内镜切除、胰胆疾病内镜及介入诊疗技术水平在区内处于领先地位，达到省、市级医院先进水平。
第十名：深圳市龙华区人民医院-消化内科
深圳市龙华区人民医院消化内科，是由一批临床经验丰富的主治医师以上职称的医务人员组成。熟悉消化内科常见病、多发病、疑难病的诊治，尤其在治疗胃炎、胃溃疡、食管炎、结肠炎、胃食管反流病、功能性消化不良、功能性腹泻、肝炎、肝硬化、胰腺炎、胆囊炎等方面具有显著优势。