上海消化内科比较厉害的医院是上海交通大学医学院附属仁济医院、上海长海医院、复旦大学附属中山医院。
上海交通大学医学院附属仁济医院消化内科是国家级重点学科的牵头单位，学术地位崇高。上海长海医院消化内科是李兆申院士领衔的国家消化病临床医学研究中心，内镜技术与科研顶尖。复旦大学附属中山医院消化科是我国内科学奠基人林兆耆教授创立的科室，在门脉高压等领域领先。
1、上海交通大学医学院附属仁济医院 消化内科
科室由江绍基院士、萧树东教授于1984年创建的上海市消化疾病研究所发展而来，是我国消化学科的奠基性中心。现为国家重点学科牵头单位、国家临床重点专科、卫生部消化内科重点实验室及上海市“重中之重”临床医学中心，学术地位与平台等级国内顶尖。
科室在食管、胃肠、肝胆胰疾病的临床诊治与基础研究上实力全面，拥有庞大的内镜中心与实验室，科研产出丰硕，获国家科技进步奖等多项大奖，并主办国际期刊，是集医、教、研于一体的权威机构。
2、上海长海医院 消化内科
科室在李兆申院士带领下，是国家消化病临床医学研究中心、免疫与炎症全国重点实验室及国家消化内科专业质控中心，代表了该领域的国家最高水平。以胰腺疾病、胃肠肿瘤早诊早治、消化内镜创新转化为核心特色，其ERCP、超声内镜、胰管碎石术年手术量居国内首位。
科研成就卓著，荣获6项国家科技进步二等奖，研究成果被多部国际指南引用，并自主研发了磁控胶囊胃镜等创新设备，是引领全国消化内镜技术发展与质控的领导者。
3、复旦大学附属中山医院 消化科
科室由我国内科学奠基人林兆耆教授创立，现为卫生部首批国家临床重点专科，其科技量值长期位列全国前三。在沈锡中主任（上海医学会消化专委会主委）带领下，科室在门脉高压、慢性肝病（肝纤维化、脂肪肝、药物性肝损伤）及炎症性肠病的诊治方面处于国内领先地位。
亚专科设置齐全，率先开展肝硬度检测、粪菌移植等特色技术。科研实力强劲，在《Lancet》、《Hepatology》等顶级期刊发表多篇论文，并获得国家科技进步二等奖。
4、上海交通大学医学院附属瑞金医院 消化内科
科室拥有70年历史，是教育部消化内科重点学科组成单位、国家临床重点专科及国家药品临床研究基地，拥有一批国内外知名的老专家。科室形成了炎症性肠病、胃肠早癌、消化内镜、胰腺疾病、胃肠动力障碍及消化系疑难疾病六大特色方向，其中炎症性肠病、复杂ERCP等在上海市诊疗量排名中位居前列。
科室尤其擅长诊治各类罕见、疑难消化系统疾病，每年接诊大量全国转诊患者，临床经验极为丰富。
5、复旦大学附属华山医院 消化科
科室成立于1964年，现为国家临床重点专科、复旦大学消化疾病研究所所长单位。学科带头人刘杰教授为教育部“长江学者”特聘教授及国家“杰出青年基金”获得者，领军人才优势突出。科室在消化系统肿瘤的个体化综合治疗、各类疑难肝病的诊治方面具有鲜明特色，消化内镜介入治疗肿瘤技术处于国内领先地位。
科研方面承担了国家“863”、“973”及国家自然科学基金等重点课题，致力于临床疑难问题与转化医学研究。
